Підсумком формування на рівнинах Придніпров'я нового суспільства стала поява нового стану, що міг народитися лише на порубіжжі,— стану козаків. Тюркське за походженням слово «козак» означало вільних, незалежних від пана людей, які не мали чітко визначеного місця в суспільстві й населяли безлюдні окраїни. Вперше слов'янські козаки з'явилися у 1480-х роках, але тільки з поширенням кріпацтва в середині XVI ст. їхня чисельність значно зросла. Спочатку основну масу козаків становили селяни-втікачі, були серед них також міщани, позбавлені сану священики, шукачі пригод із збіднілої знаті. Хоч до козацьких лав вливалися поляки, білоруси, росіяни, молдавани ба навіть татари, все ж величезну більшість населення Придніпров'я складали українці. Російський різновид козацтва розвинувся далі на схід, на р. Дон.

Первинна організація козацтва. У пошуках волі українські козаки просувалися все нижче Дніпром і його південними притоками аж за невеликі прикордонні застави Канова та Черкас. На цих щедрих, але й небезпечних землях вони організовували уходи, тобто мисливські та рибальські виправи, а також займалися випасанням худоби та коней. Власне під час цих тривалих сезонних виправ углиб степу в них з'являються перші елементи організації. Вирушаючи у «Дике поле», вони обирали своїми ватажками, або, як їх іще називали, отаманами, найбільш досвідчених, сміливих і винахідливих, а щоб краще оборонятися від татар та взаємодіяти наловах і в рибальстві, групувалися у тісно об'єднані загони — ватаги. Згодом у степу засновувалися укріплені табори (січі) з невеликими цілорічними військовими залогами, а для багатьох козакування перетворювалося на постійне заняття.

Королівські старости на пограничних землях непокоїлися, спостерігаючи, як зростає кількість озброєних незалежних козаків, котрі часто виявляли неповагу до влади. Щоправда, старости ці як члени магнатських родів самі наживалися на ситуації та отримували чималі гроші, обкладаючи великими (й часто несанкціонованими) поборами козаків, що намагалися торгувати у містах рибою, шкурами тварин тощо. Однак важливішим було те, що вони знайшли в козаках ідеальних оборонців кордонів від татарських наскоків, а одним з найобтяжливіших обов'язків старостів якраз і був захист кордонів. Так, у 1520 р. черкаський староста Сенько Полозович завербував загін козаків служити прикордонною вартою. У наступні десятиліття інші старости, такі як Євстафій Дашкевич, Предслав Лянцкоронський та Бернард Претвич, почали активно мобілізувати козаків не лише для оборони, а й для нападів на турків.

Перші магнати, що організовували козаків, були православними неспольщеними українцями. До найславетніших серед них належав Дмитро («Байда») Вишневецький, канівський староста. В його сповненому пригод, овіяному славою легендарному житті важко хідділити правду від вимислу. Проте достовірно відомо, що у 1553—1554 рр. Вишневецький зібрав розрізнені козацькі ватаги і збудував на віддаленому, стратегічно розташованому за дніпровими порогами острові Мала Хортиця форт, що мав стати заслоном від татар. Так Вишневецький заснував Запорозьку Січ, яка вважається колискою українського козацтва. Незабаром він із своїми козаками організував кілька походів у Крим і навіть мав зухвалість напасти на самих турків-оттоманців. Коли Річ Посполита відмовилася підтримати його хрестовий похід проти мусульман, Вишневецький поїхав у Московію, звідки продовжував наскоки на Крим. Але там він швидко розчарувався і, повернувшись на Україну, втягнувся у молдавські справи. Цей крок виявився для нього фатальним — молдавани підступно передали Вишневецького туркам, які в 1563 р. стратили його в Константинополі. Пам'ять про подвиги Байди зберегли численні українські народні пісні, багато з яких співають і нині.

Запорозька Січ. Розташована в недосяжності для урядової влади, Запорозька Січ навіть після смерті свого засновника продовжувала процвітати. Кожен християнин чоловічої статі незалежно від свого соціального стану міг прийти до цього острова-фортеці з його непримітними куренями з дерева та очерету й приєднатися до козацького братства. Міг він при бажанні й покинути Січ. Жінок і дітей сюди не приймали, оскільки вважали, що в степу вони будуть зайвими. Відмовляючись визнати авторитет будь-якого правителя, запорожці здійснювали самоврядування згідно з тими звичаями та традиціями, що формувалися протягом поколінь. Усі мали рівні права й могли брати участь у досить бурхливих радах, у яких частіше перемагала сторона, що найголосніше кричала.

На цих стихійних зборах обирали і з такою ж легкістю скидали козацьких ватажків — гетьмана чи отамана, осавулів, писаря, обозного та суддю. Кожен курінь (це слово згодом ста'ли вживати як назву військової одиниці, що жила в курені) обирав аналогічну групу нижчих офіцерів, або старшину. В період воєнних походів старшина користувалася абсолютною владою, включаючи право застосування смертної кари. Але в мирний час її влада була обмеженою. Взагалі запорожців налічувалося 5—6 тис., із них 10 %, зміняючись, служили січовою залогою, в той час як інші брали участь у походах чи займалися мирним промислом. Січове господарство переважно спиралося на полювання, рибальство, бортництво, солеваріння в гирлі Дніпра. Для Січі, що лежала на торгових шляхах між Річчю Посполитою та Чорноморським узбережжям, важливу роль відігравала також торгівля. Попри засади братерства та рівності, якими керувалися запорожці, між козацькою старшиною й рядовими козаками (черню) поступово виникли соціально-економічні відмінності та напруженість, які час від часу виливались у заворушення.

Міські та реєстрові козаки. Багато козаків проживало й у порубіжних містах. Зокрема, населення Канева у 1600 р. налічувало 960 мешканців, що належали до стану міщан, і понад 1300 козаків з родинами. Як і січовики, міські козаки ігнорували урядову владу, визнаючи лише своїх старшин. Розуміючи марність будь-яких спроб підпорядкувати далеку й непокірну Січ, польський уряд, проте, сподівався залучити до себе на службу міське козацтво чи принаймні певну його частину. В 1572 р. король Сигізмунд Август санкціонував утворення загону з 300 оплачуваних козаків на чолі з польським шляхтичем Бадовським, який формально не підпорядковувався урядовим чиновникам. І хоч цей загін незабаром розформували, його поява стала важливим прецедентом: уперше польський уряд визнавав козацтво чи принаймні його представників як окрему соціальну верству, що аналогічно іншим мала право на самоврядування.

Друга, більш вдала спроба створення санкціонованого урядом козацького загону мала місце у 1578 р., за правління короля Стефана Баторія. Король встановив плату шести сотням козаків і дозволив їм розташувати у м. Терехтемирові свій арсенал і шпиталь; за це козаки погоджувалися визнати за старшин призначених шляхтичів та стримуватися від «самочинних нападів на татар», що часто ускладнювали зовнішні стосунки Речі Посполитої. Завдання цих негайно внесених до реєстру (реєстрових) козаків полягало в охороні кордонів і, що не менш важливо, в контролі за нереєстровими козаками. До 1589 р. реєстрових козаків налічувалося 3 тис. В основному це були вихідці з місцевих мешканців, що остаточно сформувалися як козаки й мали значну власність. Так, заповіт реєстрового козака на ім'я Тишко Волович включав будинок у Чигирині, два маєтки зі ставками для риби, ліси й пасовиська, 120 вуликів, 3 тис. золотих злитків (із них тисяча в позичці під великі проценти).

Відносно заможне реєстрове козацтво різко відрізнялося від нереєстрових козаків, які рідко коли мали більше, ніж прості селяни. Відтак стосунки між 3 тис. реєстрових і близько 40—50 тис. нереєстрових козаків часто досягали крайнього напруження. Проте ці відмінності не перешкоджали синам заможніших козаків іти на Січ у пошуках долі або вступати до реєстрових тим козакам, що спромоглися нажити собі багатства. Таким чином, на початок XVII ст. існувало три чітко не розмежованих категорії козаків: заможні реєстрові козаки, які пішли на службу до уряду; запорожці, що жили поза межами Речі Посполитої, та величезна більшість козацтва, яка мешкала у прикордонних містах, вела козацький спосіб життя, але не мала офіційно визнаного статусу.

Боротьба проти турків і татар. На перших етапах свого формування нереєстрові козаки, і особливо запорожці, в очах не лише магнатів та королівських урядників, а й великої частини простого населення мало чим відрізнялися від розбійників і покидьків суспільства. На кінець XVI ст. такий негативний образ козака зазнав змін, принаймні у свідомості нижчих верств, великою мірою завдяки тому, що козаки дедалі частіше й зухваліше нападали на татар та їхнього могутнього сюзерена — оттоманських турків. Від турків потерпали не лише українці. Вся Європа XVI ст. тремтіла від однієї думки про навалу оттоманців, які у 1529 р. спустошили Угорщину й мало не захопили Відень. Велика частина Східної Європи лишалася під прямою загрозою татарських наскоків. Ось чому кожен, хто насмілювався кинути виклик «бусурманам», як говорили українці про мусульман, обов'язково завойовував прихильність земляків і славу за кордоном.

Певна річ, запорожцям імпонувала здобута в нападах на турків слава, але, організовуючи походи, вони також мали і практичні цілі: відтіснити татар далі від своїх поселень, а захопленою в оттоманських містах здобиччю примножити свої прибутки. Більшість нападів здійснювалися морем. Із цією метою козаки будували флотилії з 40—80 чайок — довгих, вузьких і неглибоких човнів, у кожному з яких могло вміститися близько 60 чоловік. Прослизнувши повз оттоманські форти у гирлі Дніпра, вони атакували татарські й турецькі укріплення на Чорноморському узбережжі. Перший такий наскок датується 1538 роком, ще до заснування Січі, коли козацька флотилія частково зруйнувала турецьку фортецю Очаків. У наступні роки козаки все частіше організовували такі походи, завойовуючи цим гучну славу, адже в ті часи Оттоманська імперія була наймогутнішою державою світу. Вже у 1595 р . австрійські Габсбурги, що ворогували з турками, послали на Січ свого посла Еріха фон Лясоту для укладення угоди про спільний виступ проти турецьких військ у Молдавії. Встановив контакти із запорожцями й папа римський. Січ діяла так, наче вона була суверенною державою, вступаючи у війни й підтримуючи власні зовнішні стосунки.

Найбільшого розмаху козацькі походи сягнули між 1600 та 1620 рр. У 1606 р. козаки спустошили Варну — найсильнішу турецьку твердиню на Чорному морі, у 1608 р. під їхніми ударами впав Перекоп, у 1609 р. було пограбовано Кілію, Ізмаїл та Аккерман, у 1614 р. вперше зазнав штурму Трапезунд, що в Малій Азії. А в 1615 р. вони вчинили особливо зухвалий наскок, коли 80 козацьких чайок на очах у султана і 30-тисячної залоги проникли в Константинопольську гавань, спалили її, а потім утекли. У 1620 р. козаки повторили цю акцію. Раніше, у 1616 р., вони здобули Кафу — ринок рабів у Криму — і звільнили тисячі невільників. Описуючи ці козацькі діяння, турецький історик XVII ст. Найма зауважує: «Можна стверджувати напевно, що немає на світі людей, які б менше дбали про своє життя і менше боялися смерті, ніж ці... Знавці військової справи твердять, що ці сіромахи, завдяки своїй хоробрості та вправності, в морських боях не мають собі рівних в усьому світі».

Не менш вражаючими були подвиги козаків на суші. Розлючений нездатністю Польщі приборкати козаків, султан Осман II зібрав величезне 160-тисячне військо й разом із тисячами своїх кримських васалів рушив на Річ Посполиту. В 1620 р. під Цецорою поляки зазнали страшної поразки. Але через рік 35-тисячне польське військо, що намагалося затримати турків під Хотином, врятувала від неминучої загибелі вчасна підмога 40 тис. козаків на чолі з гетьманом Сагайдачним.

Усі ці перемоги додавали козакам упевненості у власних силах. У своїх нерідко зухвалих переговорах із поляками козаки почали називати себе оборонцями віри, лицарським братством, борцями за народне благо. Така риторика певною мірою слугувала вузькостановим інтересам козацтва й мала на меті переконати уряд, що козакам належать права та привілеї, звичайно даровані воїнам. Водночас козаки значною мірою серйозно проймалися ідеєю оборони християнства й власного народу. Це нове усвідомлення власного призначення змушувало їх займатися пекучими проблемами внутрішнього життя суспільства.