Якраз у ці тривожні дні уряд України вирішив завдати махновщині нищівного удару. Можливо, Махно й заслужив на те, однак робити це, очевидно, треба було набагато раніше, а не у критичний момент денікінського наступу. 25 травня 1919 року на засіданні Ради робітничо-селянської оборони України, яке відбувалося на квартирі Раковського, зібралося набагато більше людей, ніж звичайно. Крім господаря за столом сиділи Антонов, Багдатьян, Бубнов, Жарко, Іоффе, Подвойський і вперше — Дибенко. Об одинадцятій вечора розпо- чалося обговорення центрального питання — "Махновщина та її ліквідація". Навіть доповідь Дибенка про боротьбу з григор'євськими бандами було перенесено. Прийняли рішення: "Ліквідувати Махна у крайній строк, запропонувати ЦК усіх радянських партій (комуністів та українських есерів-комуністів) терміново вжити політичних заходів до ліквідації махновщини, запропонувати командуванню УСРР протягом доби розробити військовий план ліквідації Махна, запропонувати ЦК прифронтової смуги організувати зі своїх загонів полк, який повинен бути негайно кинутий до району дій Махна: звернутися до реввійськради Південного фронту через реввійськраду Республіки для координації дій по ліквідації Махна. Цю постанову довести до відома реввійськради Республіки по телефону". Одначе рішення це, зрозуміло, не можна було реалізувати на практиці в умовах загрози з боку денікінщини. 

28 травня Ленін писав голові Раднаркому УСРР: "Махно відкочується на захід й оголює фланг і тил 13-ї армії, відкриваючи вільний шлях денікінцям". У цьому листі було викладено ряд настанов, спрямованих на подання допомоги Південному фронту. 

Намагаючись виправдати невдачі на фронті, Аршинов вирішив розпочати атаку на Троцького, спрямувавши на нього гнів і незадоволення повстанців. У махновській армії поширилися чутки, ніби Троцький, бачачи, що махновщина міцно укорінялася на півдні України і загрожує поширитися на всю республіку, вирішив віддати Україну Денікіну, сподіваючись, що той знищить повстанську армію. 

Того самого дня відбулося екстрене засідання пленуму ЦК КП(б)У, на якому обшворювалося становище в Донецькому басейні. 29 травня рада робітничо-селянської Оборони ухвалила рішення про активне залучення комуністів та відповідальних працівників до справи прискорення мобілізації робітників та ліквідації махновщини. 

Комдив Є. Чикваная спробував відстояти Гуляйполе, до якого наближалися білі. До Махна був направлений комбриг Є. Брашнєв. У резиденції "батька" він побачив сотні дві бійців, які безцільно вешталися селом. Щоправда, помітивши червоноармійців, вони зі зброєю в руках зажадали, щоб ті зняли червоні зірки. На галас вийшов Махно, навів порядок і запросив Брашнєва до штабу. Втім він не міг запропонувати жодних заходів для врятування становища. 

"Мені хотілося, щоб Махно відчув нашу загальну справу, — згадував Є. Брашнєв — розбудити у ньому струну товариської солідарності. Спільний ворог, спільне завдання, єдина доля. Я розгорнув карту і став показувати комбригові нашу дислокацію, становище й передбачення, Махно недбало, з напівоборота, клюнув у мою карту носом. Пряме, як у псаломщика, волосся впало на чоло. Худорлява семінаристська фігура висловлювала презирливе ставлення до наших ускладнень". 

Налякане григор'євським заколотом радянське командування на Україні з дня на день очікувало подібного виступу Махна. "Невжиття своєчасних заходів, — телеграфував В. І. Межлаук, — обіцяє повторення григор'євської авантюри, яка буде небезпечною через величезну популярність Махна серед селянства та червоноармійців". 

Командування Червоної Армії, уряд УСРР були значною мірою дезінформовані відносно намірів Махна і дій його війська. Щоправда у бригаду "батька" засилалися розвідники, агенти ЧК, але тільки небагатьом вдавалося проникнути безпосередньо в Гуляйполе, більшість же доїжджала лише до Олександрівська, а дехто й взагалі обмежувався перебуванням у Катеринославі. Донесення грунтувалися на чутках або писалися так, щоб співпасти з офіційною думкою. Наприклад, один з членів так званої Колегії комуністів особливого призначення М. Нікольський, поїхавши у "махновський район", доповів, що армія "батька" нараховує близько 40 тисяч бійців, якими командують карні злочинці та офіцери царської армії; селяни ставляться до Махна виключно негативно і розуміють його контрреволюційну суть, вони, нібито, просили захисту у Ворошилова, але той не схотів відволікатися на такі дрібниці, оскільки займається серйозними справами; переляканий же Махно разом з Никифоровою ховаються по селах... 

Така інформація, зрозуміло, заважала зробити вірні висновки про особу Махна, його політику, оцінити реальний стан справ і прийняти необхідні рішення. 

Члени Ради робітничо-селянської оборони України не лише вирішували питання про те, де взяти зійська для ліквідації неіснуючого заколоту, а й бурхливо обговорювали кандидатуру командуючого ними. Реввійськрада Республіки пропонувала на посаду П. Ю. Дибенка, однак командування щойно створеної на базі 2-ї Української радянської армії 14-ї армії заперечувало. Голова Ради робітничо-селянської оборони УСРР Раковський, поступаючись тиску Ворошилова та Межлаука, 30 травня повідомив: "Кандидатуру Дибенка по ліквідації махновщини ми знімаємо й пропонуємо кандидатуру Ворошилова. Ми Дибенка не призначали, а тільки запропонували його кандидатуру Реввійськраді Республіки". 

Намагаючись врятувати становище на фронті, Махно вирішив поповнити свої війська шляхом примусової мобілізації, але П. Аршинов зумів переконати його в тому, що такі заходи підірвуть віру селянства у так званий вільний лад, проголошуваний анархістами, і негативно вплинуть на авторитет "батька". 

30 травня 1919 року виконком революційно-військової ради Гуляйпільського району, обговоривши ситуацію, що склалася у зв'язку з наступом денікінців, і беручи до уваги політично-економічне становище радянської влади в даний момент, ухвалив, що вихід із скрути можуть знайти тільки самі трудящі, а не окремі партії або вожді. Для цього вирішено було скликати 15 червня екстрений з'їзд Гуляйпільського району. До порядку денного планувалося включити одинадцять питань, зокрема військове, продовольче, земельне, фінансове. Було визначено норму представництва на з'їзді: по одному делегату від 3 тисяч селян і робітників, від кожної окремої військової частини, від повітових виконкомів та від партійних організацій, що стоять на радянській платформі. Вибори селянських та робітничих делегатів мали проходити на загальних повітових, сільських та фабрично-заводських зборах, а не лише на засіданнях членів Рад та фабзавкомів. У зв'язку з тим що реввійськрада не мала відповідних коштів, делегати повинні були забезпечуватися усім необхідним за рахунок тих, хто посилав їх на з'їзд. Крім цього, їм необхідно було мати чітку програму, яка б відбивала волю трудящих мас. 

Наступного дня близько 7 годин вечора це рішення було розіслане усім виконкомам Олександрівського, Маріупольського, Бердянського, Мелітопольського, Павлоградського та Бахмутського повітів, повстанським з'єднанням та частинам Червоної Армії, що дислокувались у цьому районі. Штаб 1-ї Повстанської дивізії імені батька Махна запропонував усім органам на місцях якомога ширше інформувати населення про проведення з'їзду в Гуляйполі. Особи, які протидіяли цьому, оголошувалися контрреволюціонерами, що виступають проти волі трудящих мас. 

Білогвардійська ж пропаганда, як могла, намагалася відокремити селянського "батька" з його примітивним анархізмом від одного з основоположників цього вчення графа Кропоткіна. Вона вважала, що Махно такий же учень Кропоткіна, як і Пугачев — великий государ Петро Федорович. Однак зв'язки, хоча й досить нестабільні і практично випадкові, між Кропоткіним і Махном усе ж таки існували. 

Ось і зараз у цій скрутній ситуації "батько" згадав про Kpопоткінa і надіслав йому продуктову посилку, додавши до неї такого листа: 

"Дорогий Петро Олексійович! Знаючи становище Росії в розумінні продовольства і відчуваючи, як позначається це становище на Ваших старечих фізичних силах, я обміркував з товаришами, і ми вирішили надіслати Вам декілька пудів харчів, які вважаємо необхідними для Вас. Одночасно з цим посилаю Вам кілька номерів нашої повстанської газети "Путь к свободе" та листівок, які ми випускаємо. І прошу Вас, як близької і дорогої для нас, південних товаришів (людини), написати нам свого листа про повстанство нашої області, яке вірно відбивається в нашій газеті. 

Крім цього дуже важливо було б для селян, якби Ви написали в нашу газету статтю про соціальне будівництво на селі, яке ще не заповнилося сміттям насилля. 

Поки бувайте здорові. Міцно тисну Вашу руку. 

Поважаючий вас "батько" Н. Махно". 

Кропоткін не відповів на цей лист, оскільки події на півдні змінювалися з калейдоскопічною швидкістю. 

Намір скликання нового з'їзду був використаний Троцьким як привід для наступу радянської влади проти махновщини. Адже "батько", як пишуть його зарубіжні біографи, був організатором і захисником з'їздів повстанців, де вони мали можливість відверто критикувати більшовистську політику. 

З огляду на це Троцький вирішив діяти більш наполегливо, оголосивши, що з'їзд неодмінно має стати сигналом до нової григор'євщини. Та це була помилкова думка, оскільки Махно, як відомо, не підтримав отамана, а коли авантюра Григор'єва зазнала краху, взагалі відкинув наміри про будь-які бойові дії проти радянської влади. 

До речі, незважаючи на те що натхненником і організатором боротьби проти махновщини був Троцький, перші кроки в цьому напрямі під його впливом зробили інші. 25 травня 1919 року Рада робітничо-селянської оборони України ухвалила антимахновську постанову. З червня видав відповідний наказ командуючий Південним фронтом В. М. Гіттіс. Командуючий новоствореною 14-ю армією К. Є. Ворошилов одразу після свого призначення підписав наказ № 1 про ліквідацію війська Махна. 

Троцький же був впевнений, що ці заходи принесуть бажані результати. Тому 3 червня надіслав Раковському таємну телеграму, в якій дав розпорядження розгорнути широку й активну антимахновську пропаганду. Крім цього, Троцький порадив застосувати зброю проти махновців "без усяких зволікань". 

4 червня голова реввійськради Республіки видав наказ про заборону проведення махновського з'їзду. "Цей з'їзд, — зазначалося, — цілком спрямований проти Радянської влади на Україні та проти організації Південного фронту, до складу якого входить бригада Махна. Результатом з'їзду може бути тільки новий, жахливий заколот у дусі григор'євського та відкриття фронту білогвардійцям, перед якими бригада Махна незмінно відступає через нездатність, злочинність та зрадництво своїх командирів". 

Того ж дня питання про махновщину розглянуло політбюро ЦК КП(б)У. X. Г. Раковський, який був ініціатором походу проти "батька", цього разу поводився трохи дивно. Як головуючий, він зачитав телеграму Троцького і запропонував надіслати Катеринославському губпарткому і командуючому 14-ї армії К. Є. Ворошилову вказівку про те, що з'їзд повстанців слід заборонити лише після перевірки фактів, викладених у посланні голови РВР. Раковський розумів, що наступ на Махна і його військо лише послабить фронт проти Денікіна. 

Наступного дня питання про скликання гуляйпільського з'їзду розглянув ВУЦВК. Заслухавши повідомлення Г. Л. Пятакова, вищий орган державної влади на Украші ухвалив рішення заборонити його скликання. 

На початку червня 1919 року в ставку Махна для координації бойових дій проти денікінців прибули новопризначений командарм-14 Ворошилов та колишній заступник наркомвоєн України, член РВР 14-ї армії Межлаук. Прибули вони під охороною автобронедивізіона під командуванням О. І. Селявкіна. 

Махно, який не стільки думав про справи на фронті, скільки чекав, що ось-ось його заарештують, щоб збити з пантелику високе командування, вирішив розіграти спектакль. Поки Ворошилов, розгорнувши на столі розмальовану синім та червоним олівцями карту, почав з'ясовувати обстановку, Махно уважно розглядав новопризначеного командира. Низького росту, кремезний, гостроносий, той поводився енергійно й рішуче, говорив, відчеканюючи кожне слово. Раптом до штабу вскочив махновець і щосили заволав: 

— Батьку, біляки!! 

Махно кулею вискочив з хати, залишивши розгублених гостей. Крикнувши: "Хлопці, на коней!", він скочив на рисака, якого підвів ад'ютант, і поскакав на чолі кавалерійського загону за село. Через деякий час навздогін "батькові" помчали тачанки, які зникли в хмарах пилюки. Цілу ніч, як згадував командир бронедивізіону Селявкін, чекали Махна. Він з'явився лише на ранок. "Синки" їхали, співаючи веселих пісень, у передній тачанці, спершись на кулемет, сидів "батько". На підводі, що їхала слідом, понуро зіщулились кілька зв'язаних денікінських офіцерів. Наказавши зачинити полонених до амбара, Махно зайшов до штабу і як ні в чому не бувало продовжив розмову з Ворошиловим і Межлауком. Він вимагав зброї, набоїв, продовольства, яких так і не одержав. 

По-іншому мету приїзду Ворошилова пояснила Г. А. Кузьменко, яка розповіла у 1976 році таку історію: 

"4 червня 1919 року в Гуляйполі було справжнє свято. У штабі Махна відчувалась піднесеність, хлопці посміхалися і вітали один одного. Нестор сидів за столом. Поруч з ним були тілохранителі Петро Лютий і Сидір Лютий. Потім прийшли Віктор Білаш, Семен Каретников, Олексій Марченко та інші товариші. Нестор сказав мені: 

— Ти, Галю, керуй, щоб стіл був накритий усім, що потрібно. 

Нестор Махно послав свого брата Григорія на станцію зустрічати Ворошилова. Він приїхав туди на броньовику. Григорій зустрів Ворошилова і запросив його до штабу Махна. Баска трійка повезла Ворошилова до штабу. Ми вийшли на ганок. Під звуки оркестра, що грав "Інтернаціонал", Ворошилов під'їхав до струнких шеренг українських повстанців. Махно вийшов уперед і доповів: 

— На фронті тримаємося успішно. Від імені революційних повстанців вітаю Вас, товаришу Ворошилов. Доповідає комбриг "батько Махно". 

Міцний потиск рук. Махно відрекомендував Ворошилову членів Гуляйпільського виконкому і свого штабу. Ворошилов оглянув бійців запасного полку, які в той час знаходилися в Гуляйполі, і кавалеристів. 

Потім відбувся мітинг, на якому Нестор запевнив Радянський уряд у дружбі, обіцяв допомогти у військових діях проти білих. 

Після цього усі були запрошені до столу. Ворошилов сів навпроти Махна і його помічників. Потім підвівся і сказав: 

— За дорученням реввійськради дозвольте вам, Несторе Івановичу, вручити орден Червоного Прапора за оборону Південного фронту і взяття Катеринослава. 

Нестор узяв орден і відповів: 

— Я воюю не за ордена, за перемогу революції. Я селянин, і наша мета — зберегти революцію від білих. Вип'ємо за світле майбутнє. 

Потім усі кричали "ура", грав духовий оркестр. Після нетривалих веселощів Нестор з Ворошиловим і бойовими соратниками пішли до штабу. Наступного дня Ворошилов поїхав, а Махнові з штабу Червоної Армії надіслав машину і літак". 

Документів про представлення Махна до нагороди і вручення її поки що не виявлено в архівах. Багато розмов точилося навколо нагородження "батька" орденом Червоного Прапора. Розповідь Г. А. Кузьменко на сьогодні — єдине свідчення цього. Дивно, чому про таку важливу подію в житті Махна не згадав П. Аршинов у своїй книзі, та й інші автори, насамперед Білаш, Тепер та інші. Дивує й той факт, що Ворошилов вручав Махнові нагороду того ж самого дня, коли власноручно склав наказ про оголошення "батька" ворогом революції. Викликає сумнів й те, що орден Махно одержав за взяття Катеринослава та захист Південного фронту. Адже під ударами Денікіна фронт було прорвано ще в середині травня, а Катеринослав Махно тримав лише два дні, та й то згодом зазнав відчутної поразки від петлюрівців. 

Інша справа, коли б нагородили його за взяття Маріуполя, як Григор'єва — за взяття Одеси. 9 квітня 1919 року голова Раднаркому УСРР Раковський пропонував командуючому Українським фронтом Антонову-Овсієнку "подати до почесної нагороди червоноармійські частини і їх командирів, що відзначилися під Маріуполем". У вирі громадянської війни могло статися усяке: Антонов-Овсієнко міг і проігнорувати рекомендації голови уряду, як він це не раз робив, а міг і виконати, тим більше, що до Махна ставився дуже добре. Цей епізод у біографії Махна поки що залишається "білою плямою", яку можна ліквідувати лише шляхом ретельного вивчення архівних джерел. 

Отже, Махно був оголошений поза законом. Якоюсь мірою це розв'язало "батькові" руки, і він розпочав відкриту антирадянську агітацію, зваливши всю вину за розгром своїх військ денікінцями на Червону Армію та її командування. А після опублікування статті Троцького "Геть махновщину" "батько" видав розпорядження заарештувати всіх політкомісарів та конфіскувати документи політвідділів. 

Чимало представників військового командування, у тому числі командуючий Українським фронтом В. О. Антонов-Овсієнко, розцінили антимахновську кампанію Троцького як несвоєчасну. У цій критичній ситуації, на їх думку, саме "незрілий план Троцького" призвів до відкритого переслідування комісарів, а згодом — до заколоту махновіцв. Та голова реввійськради уперто стояв на своєму. Незважаючи на ситуацію на Південному фронті та співвідношення сил, він у найнесприятливіший для цього момент вирішив лівацьким методом повести рішучу боротьбу за викоренення у лавах Червоної Армії партизанщини. Повстанство, на думку Троцького, відіграло свою позитивну роль у боротьбі за встановлення радянської влади й особливо у розгромі німецьких і австро-угорських окупантів, але згодом стало реакційним. Виступаючи на початку червня 1919 року на пленумі Харківської міськради, голова заявив: "Махновщина... якщо вона служить інтересам соціалізму, вона терпима і навіть необхідна. Коли пролетаріатові потрібна перемога, немає засобів, неприпустимих для досягнення цієї мети. Нам потрібна сьогодні армія для перемоги. Махновці не сприяють цій перемозі — вони повинні бути викинутими на смітник історії". 

Махно сподівався, що все ще минеться. Бійці й командири його любили і одностайно підтримували і навряд чи зголосилися б служити під началом іншого командира. Та й обстановка була складна настільки, що міняти командування в такий момент було відвертим безглуздям. Тому 8 червня "батько" надіслав особисто Троцькому телеграму, в якій з притаманним йому пафосом писав: "Поки я відчуваю себе революціонером, вважаю своїм обов'язком, не рахуючись ні з якою несправедливістю, яка звинувачує мене в нечесності нашій спільній справі — революції, запропонувати негайно ж прислати до мене хорошого воєнного керівника, котрий, ознайомившись при мені на місці зі справами, міг би прийняти від мене командування дивізією. Вважаю, що повинен зробити це. Революціонер відповідальний за усякий нечесний крок по відношенню до революції і народу, коли його звинувачують в скликаннях з'їздів і підготовці якогось виступу супроти Радянської Республіки". 

Троцький нічого не відповів Махнові, лише передав Межлауку записку: "Після заборони з'їзду анархо-махновці з Гуляйполя надіслали заяву про підпорядкування і готовність здати командування дивізією. Вжити рішучі заходи щодо зосередження військ і безпощадної чистки махновських банд". 

Багато червоних командирів, замість того щоб спрямовувати свої зусилля на боротьбу з денікінцями, кинулися виконувати наказ Троцького — ліквідовувати махновщину, не розуміючи, що цим самим грають на руку білогвардійцям. З Харкова в район дислокації бригади Махна вирушив автобронедивізіон та кавалерійська бригада, якими командували відповідно Рябцев та Медведев, їхнім завданням було вибити махновців з залізничних станцій. У Пологах влаштували засаду, щоб знищити ешелон з махновцями, які їхали на фронт. Але несподівано для червоних перед поїздом опинився бронепоїзд. Рябцев, котрий знаходився на броньовику "Ланчестер", відкрив вогонь бронебійними снарядами. Бронепоїзд відповів прицільним вогнем і зніс башню броньовика, контузивши командира автобронедивізіону. Вирішивши, що справу зроблено, махновці рушили далі. Але коли до станції підійшов ешелон з повстанцями, броньовики відкрили по них шалений вогонь, а кіннота довершила разгром. Близько тисячі махновців було взято в полон і відправлено під конвоєм в Черкаси. Війська під командуванням Рябцева і Медведева розгромили махновські загони й на інших станціях, доповівши командуванню, що з півночі на південь і з півдня на північ залізничний рух на цій ділянці вільний. 

Махно, вважаючи такі дії зрадницькими, спрямованими проти революції, поклявся помститися їх організаторам і безпосереднім виконавцям. 1 слова дотримав. Коли у період наступу Денікіна на Україну кавбригада Медведева опинилася у скрутному становищі в районі П'ятихаток, Махно запросив Медведева до себе у штаб для вироблення плану спільних дій. Зустрів комбрига привітно, як дорогого гостя. Та на зворотному шляху на Медведева і осіб, що його супроводжували, напав махновський роз'їзд і порубав майже усіх червоноармійців разом з їх командиром... 

Лівацька політика Троцького змусила Махна форсувати перехід до антирадянського табору. 6 червня 1919 року на станції Царекостянтинівка відбулася нарада повстанських командирів, на якій обговорювалося питання про оголошення "батька" поза законом. Ліві есери вимагали негайно виступити проти більшовиків, решта ж присутніх не підтримала їх, розуміючи, що станеться в разі приходу денікінських військ. Намагаючись заспокоїти командирів, ліві есери почали доводити, що Денікін не піде у Придніпров'я, а рушить на Самару для з'єднання з Колчаком і спрямує об'єднані сили для взяття Москви. Проте Махно не підтримав лівих есерів. 

Першими пішли від нього анархісти. Аршинов та секретаріат "Набату" заявили, що займатимуться агітаційно-пропагандистською діяльністю у різних регіонах країни, для того щоб розповісти світові про Махна й махновщину. 

Група в складі 18 чоловік на чолі з Казимиром Ковалевичем, Глакзоном та Соболевим вирушила на північ, де організувала так званий "Всеросійський повстанський комітет революційних партизан". Саме ця організація була причетна до терористичного акту 25 вересня 1919 року, коли в приміщенні Московського комітету РКП (б) у Леонтієвському провулку вибухнула бомба. 

Цей теракт члени повстанкому розцінили як помсту за розстріл махновців трибуналом Пятакова. "17 липня цього року, — говорилося в їхній заяві, — надзвичайний військово-революційний трибунал розстріляв у Харкові семеро повстанців: Михальова, Павленка, Бурбичу, Олійника, Коробку, Костіна, Полупіна, Добролюбова і потім Озерова. 25 вересня цього року революційні повстанці помстилися за їх смерть на Московському комітеті більшовиків. Смерть за смерть. Перший акт зроблено, за ним підуть сотні інших актів, якщо кати революції своєчасно самі не розбіжаться". 

Отрута махновщини, як вважало керівництво РСЧА, почала глибоко проникати не лише у селянські маси, а й у червоноармійське середовище. Наказом Президії РВР Республіки від 6 червня 1919 року проти махновців та усіх, хто їх підтримував, оголошувалася нещадна боротьба. 

Щоб засудити махновщину від імені трудящих мас, вирішено було використати Всеукраїнський з'їзд представників волосних виконкомів. 7 червня, заслухавши повідомлення Е. Й. Квірінга про спробу махновців скликати свій IV повітовий з'їзд у Гуляйполі, посланці місцевих органів радянської влади одностайно прийняли резолюцію, в якій затаврували Махна як авантюриста і контрреволюціонера. 

Військовій владі було наказано "залізною рукою" наводити революційний порядок та дисципліну, рішуче боротися проти ворогів народу, застосовуючи проти них один вид покарання — розстріл. X. Г. Раковський також закликав до червоного терору проти куркульської контрреволюції. Того ж дня за наказом Троцького почав діяти надзвичайний військово-революційний трибунал, очолюваний членом Раднаркому України Г. Л. Пятаковим. 8 червня було видано наказ голови реввійськради Республіки та Наркомвійськмору "Кінець махновщині", в якому махновці називалися винуватцями останніх невдач військ Південного фронту в Донбасі, їх, зокрема, звинувачували в тому, що вони по-зрадницькому оголили правий фланг Донецького фронту, внаслідок чого радянські війська зазнали великих втрат. 

12 червня члени трибуналу прибули на станцію Синельниково, де заарештували кілька десятків махновців, переважно штабних працівників. 

19 червня Махнові принесли газету "Коммунар" за минуле число, де на останній сторінці під рубрикою "Суд революції" було вміщено повідомлення "Розстріл штабу Махна". В газеті повідомлялося, що надзвичайний трибунал Донецького басейну розстріляв 7 махновських командирів та інструкторів по скликанню Гуляйпільського з'їзду. Вони звинувачувались у розкладі повстанських військ, у прориві денікінцями фронту на ділянці бригади Махна, а відтак — у фактичній допомозі білим. Прочитавши це, Махно розгорнув газету і на другій сторінці побачив крупно набраний заклик: "Хто підступно біжить з червоного фронту, на того чекає червоний терор у тилу". Постоявши деякий час у роздумі, "батько" віддав наказ: форсувати Дніпро і йти у район, де орудували залишки розбитого війська отамана Григор'єва... 

Набагато тяжче переживав те, що сталося, Аршинов. Його плани втілити за допомогою махновщини свої анархічні ідеї в практику зазнали нищівного краху. Аршинов так і не оправився від морального удару. З Махно він залишався ще у другій половині 1919 року і на початку 1920-го, але головну скрипку тоді грали вже інші набатовці — Волін та Барон. 

Сам же Махно, якщо й повертався до анархізму, то до того селянського, деформованого, примітивного, за який боровся в молоді роки. Щоправда, він трохи збагатив його теорією, запозиченою у Бутирці в Аршинова. Під час громадянської війни, спілкуючись з Воліним, Бароном, іншими набатовцями, він дещо перейняв і у них, особливо те, що стосувалося звільнення селянства. Загалом ж "теоретиків" анархізму "батько" не любив, під їхній вплив не підпадав і практично зробив все, щоб ідеї анархістів не матеріалізувалися. 

На початку червня 1919 року розрив Махна з радянською владою став реальністю. Однак на виступ, подібний до григор'євського, він не наважився. 11 червня "Правда" опублікувала невелику замітку під назвою "Махно злякався". У ній зазначалося, що Махно злякався запланованого виступу проти радянської влади й вирішив залишити командування дивізією. Тут же повідомлялося, що махновські загони розкладаються, а натомість створюються інші, очолювані батьками" й "дядьками". Махно особливим наказом оголосив їх "поза законом". 

Махно як ніхто інший розумів, наскільки важко підкорити собі людей, довести, що тільки він, старий революціонер, котрий пройшов царські в'язниці й каторгу, може й повинен командувати повсталим селянством, знає якнайкраще, що треба народові і як добитися цього. Тому розпад армії на дрібні загони Махно вважав крахом своєї боротьби. Це потім, у наступні роки він зрозуміє, що подрібнення війська на невеликі загони є необхідним прийомом в умовах "дрібної війни" і навіть єдиним засобом для врятування руху. Але влітку 1919 року він рішуче виступав проти цього, а тих, хто йшов від нього, оголошував "поза законом". 

Радянському командуванню потрібні були точні відомості про обстановку в махновському таборі, але від людини, котру махновці не знали і якій не могли б "замилити очі". Така людина знайшлася: на початку червня до Гуляйпільського району вирушив Андрій Львович Куц, який повинен був з'ясувати місцезнаходження махновського штабу, визначити найбільш боєздатну частину у "батька", дізнатися, де знаходиться Маруся Никифорова і яку роль вона відіграє на сучасному етапі. Побувавши в Гуляйполі та Великому Токмаку, Куц 18 червня повернувся до Києва і повідомив Раду робітничо-селянської оборони УСРР: 

"У бесіді з членами місцевих Рад, партій та селянами мені вдалося з'ясувати ось що. Штаб Махна та партію анархістів розбито у Гуляйполі білими; сам батько Махно з Марусею Никифоровою, після взяття козаками Гуляйполя, втік до району Бердянська, де вони ведуть мандрівний спосіб життя й зайняті вербуванням селян на свій бік, але останнє їм не вдається. Це видно зі слів селян села Великий Токмак. Ось, що вони казали мені: "Перед обідом у нас у селі Великий Токмак був батько Махно і з ним жінка, кажуть, якась Маруся Никифорова, і повідомили нам, що козаки вже взяли Гуляйполе, невдовзі прийдуть до нас, почнуть витоптувати й косити хліб, а нас різати й розстрілювати. Потім почали закликати нас до себе у загін, але ми вже дізналися, що Махно зі своїми солдатами грабують, відмовилися йти і навіть хотіли його кілками побити, але жалко, що він швидко встиг поїхати, мабуть, здогадався. 

Тепер щодо бойової частини Махна, то такої не існує, а є просто невеликі загони-банди у п'ятдесят або сто чоловік, які діють незалежно один від одного, під керівництвом таких осіб: Правди, Коробки, Щуся та ін. Деякі з таких загонів мають, крім гвинтівок, по 2 або 3 кулемети, крім того, слід відзначити, що Маруся Никифорова має добре озброєний загін у 500 чол. Солдат-бандитів — меншість, більша ж частина свідомих влилася до радянських військ. 

Усі зазначені загони займаються грабунками й розбоєм у повітах: Бердянському, Мелітопольському й Олександрівському. 

Потім з'їзд, який призначений був на 15 цього червня, як видно, не відбувся: по-перше, тому, що Коробка, Щусь, Правда та ін. оголошені самим Махном поза законом, у той час як вони повинні бути представниками від військових частин на з'їзді, по-друге, у зв'язку з розгромом партії анархістів і вбивством деяких її членів, які теж повинні бути на з'їзді". 

На засіданні Всеукраїнського Центрального Виконавчого Комітету 14 червня зазначалося, що махновщина, будучи тимчасовим супутником радянської влади, насправді завжди залишалася її потенційним ворогом; григор'євщина відрізняється від махновщини тим, що є активною, остання ж — уповільненої дії і більш тривалого розкладу. 

Махновські війська продовжували чинити опір денікінцям. Антонов-Овсієнко доповідав, що "Махно ще тримався, коли побігла сусідня 9-а дивізія, а потім і вся 13-а армія". Але радянське командування дбало лише про ліквідацію махновщини. Наказ Троцького про розгром Махна намагалося виконати командування 14-ї армії, але його випередив 3-й Кубанський кінний корпус під командуванням Шкуро. Стрімкий удар білогвардійців та захоплення ними Гуляйполя зірвали проведення з'їзду. 12 червня Ворошилов повідомив Троцькому: "Махновщину розбито Шкуро вщент. Окремі махновці голосять про захист і покору Радянській владі. Момент ліквідації цього гнойовика найзручніший. Наша біда — відсутність регулярних частин, якими треба зайняти махновський фронт та ліквідувати залишки банди. Повна відсутність спорядження, зброї і навіть продовольства у 14-й армії не залишає можливості сколочувати на місці з робітників надійні батальони. Стан фронту потребує екстрених заходів. Треба хоча б одну регулярну дивізію для швидкого очищення всього Донбасу. У протилежному випадку треба гонити до армії якомога більше спорядження, зброї, комсклад та політпрацівників. Натискайте на всі педалі. Тут потрібні швидкість і натиск". 

Іскру надії у Махна вселив голова Олександрівського виконкому Н. Гоппе, який запропонував йому очолити оборону міста від білих. Наступного дня "батько" приїхав до міста, зле послуги його недзнадобилися. Він зупинився в Кічкасі. 

У цей час Махно довідався, що до нього іде П. Ю. Дибенко. Як завжди у таких випадках, він терміново викликав до себе Щуся, Чубенка, Пузанова та інших наближених. "Батько" тоді вперше детально розробив підступний план усунення своїх противників під час переговорів, який потім часто використовував. Однак розправитися зі своїм колишнім командиром він так і не наважився, про що згодом шкодував. 

За розгром махновської бригади значною мірою несло відповідальність і командування Українським фронтом, яке, як згадував Антонов-Овсієнко, боячись контрреволюційного виступу Махна, забезпечило бригаду італійськими гвинтівками, до яких не підходили вітчизняні патрони. Каменев, щоправда, надіслав трохи патронів з Москви, але то була лише крапля. Загалом з 55 тисяч бійців бригади та селян, які допомагали "батькові" в його боротьбі з денікінцями, 32 тисячі не мали вогнепальної зброї. У критичний момент не було виконано наказ Леніна про виправлення за допомогою резервів становища на цій ділянці фронту. Тож традиційне твердження про те, що Махно відкрив фронт Денікіну, очевидно, не зовсім відповідає дійсності, оскільки суперечить основній ідеї махновщини — захисту Гуляйпільського району від білогвардійщини. Протягом майже двох тижнів після прориву денікінців махновці ще вели бої. 2 червня, як згадував В. Білаш, Троцький викликав по прямому проводу Махна і наказав закрити оголену ділянку на деиікінському фронті від Слов'янська до Гришиного довжиною 100 верст. Махно, посилаючись на відсутність зброї та боєприпасів, відмовився. Троцький наполягав, на що "батько" відповів брутальною лайкою. Про те, що Махно не відкрив фронту, свідчать і донесення командування сусідніх з ним радянських частин. Начштабу 9-ї дивізії 13-ї армії констатував, що війська "батьки" відходять під натиском білогвардійців, і робив спроби разом з махновцями відкинути ворога. 

Між повстанським "батьком" і головою РВР Республіки було багато протиріч. Махно, мов магнітом, притягував бійців різних армій. Він був своєрідним антиподом Троцькому, для якого репресії були головним елементом військового будівництва, формою виховання особового складу. Інколи "батько" власноручно, при народі, розстрілював бійців за мародерство, насилля тощо, але у його армії панували певна свобода, вседозволеність, можливість одержати за ризик життям відповідну винагороду у вигляді трофеїв. 

Найбільш об'єктивну оцінку причин розгрому махновських військ на Південному фронті дав член Ради робітничо-селянської оборони УСРР А. С. Бубнов. На засіданні ВУЦВК 21 червня 1919 року він заявив: "Генерал Денікін прекрасно організував свою армію, а ще краще поставив розвідку. Йому був добре відомий стан бригади "батька" Махна, що фактично і призвело до катастрофи. Тому, створивши в районі дій цієї бригади ударний кулак, він завдав удару саме по цій бригаді, деморалізувавши її, і змусив бігти, зайшов у тил нашим частинам на цій ділянці фронту". 

Навіть у надзвичайно скрутний для себе час Махно не збирався остаточно сходити з арени політичної боротьби. Він ще сподівався у вирі громадянської війни піднятися на вершину слави й популярності, повести за собою селянські маси, які, як і раніше, вважатимуть його своїм батьком. У зв'язку з цим Махно склав два документи, в яких прагнув виправдати свої дії, підкреслюючи, що головною метою його життя є революційна боротьба. 

10 червня він направив телеграму на шість адрес — до штабу 14-ї армії К. Є. Ворошилову, голові реввійськради Л. Д. Троцькому, голові Раднаркому УСРР X. Г. Раковському, В. І. Леніну, Л. Б. Каменеву, Г. О. Зінов'єву, — у якій пояснював, чому саме він пішов з Червоної Армії. 

"У зв'язку з наказом Революційної Військової Ради Республіки за № 1824 мною було надіслано до штабу 2-ої армії та голові реввійськради Троцькому телеграму, у якій я просив звільнити мене від цієї посади. Зараз я по-друге заявляю про це, причому я вважаю себе зобов'язаним дати такі пояснення своїй заяві. 

Незважаючи на те що я з повстанцями вів боротьбу виключно проти білогвардійських банд Денікіна, сповідуючи народові лише любов до волі, до самодіяльності; незважаючи на глибоко товариську зустріч і прощання зі мною товариша Антонова, а потім товариша Каменева, — уся офіційна радянська преса, а також партійна преса комуністів-більшовиків розповсюджували про мене помилкові відомості, не гідні революціонера, тяжкі й образливі для мене. Мене змальовували й бандитом, і пособником Григор'єва, і змовником проти Радянської Республіки у плані відновлення капіталістичних порядків. 

Так, у № 51 газети "В путь" Троцький у статті під назвою "Махновщина" ставить питання: