Розпочати аналіз взаємин Гетьманщини та Московського царства в цей складний період, коли були закладені підвалини характеру цих взаємин між обома державами, варто з перепетій отримання гетьманської булави Юрієм Хмельницьким. Українська старшина виробила для гетьмана статті, які отримали назву Жердевських і були виявом розуміння українцями Березневих статей Б.Хмельницького. До князя Трубецького було вислане посольство на чолі з луцьким полковником Петром Дорошенком з метою досягнути згоди з московитами на основі Жердевських статей. Проте московська сторона наполягала на підписанні ніби-то автентичних статей Богдана Хмельницького, а насправді то були підкореговані в потрібному для Московського царства напрямку статті. Оскільки ці статті були також затвердженні на Переяславській Раді У 1659 році, тому вони й отримали назву Переяславські статті.
І якщо українська еліта прагнула з допомогою Жерденських статей забезпечити Війську Запорозькому суверенітет у союзі з Москвою, очікуючи від останньої лише координаційних дій, військово-політичної допомоги у справі захисту власної державності, то царський уряд розглядав цей союз як збирання “споконвічних” земель та розширення кордонів і взяв під Переяславом жорсткий курс на обмеження автономії Гетьманщини і її політичну інтеграцію до Росії.
Проведення в життя Переяславських статей унеможливлювало завершення державного будівництва в Україні. Стосунки між двома сторонами втрачали характер міждержавних, Гетьманщина фактично перетворювалася на автономну складову Росії. Уперте небажання царських властей змінити договірні умови, незважаючи на неодноразові прохання уряду Юрія Хмельницького (посольство Андрія Одинця до Москви у грудні 1659 р., Павла Яненка і посланців від Лазаря Барановича та Інокентія Гізеля у червні 1660 р.) спричинили загострення відносин між двома сторонами. А це, в свою чергу, визначило долю українсько- російського походу на Польщу, стало одним із чинників переходу гетьмана під Чудновим на бік поляків і поразки московського війська воєводи В. Шереметєва. Відбувся розкол козацької України на дві частини, оскільки три лівобережні полки (Переяславський, Ніжинський, Чернігівський) та Київ, де знаходилися російські воєводи, залишилися у підданстві царя.
Завдяки зусиллям наказного гетьмана Якима Сомка та інших прихильників Росії на середину 1661 року Лівобережна Україна повернулася під царську руку. Однак внутрішньополітична ситуація тут лишалася вкрай нестабільною через суперечності між різними старшинськими угрупованнями і претендентами на булаву. Московське царство скористалося цим розбратом і взяло під свій контроль справу обрання повноважного гетьмана. В результаті вже на початок 1662 року стосунки між царським урядом і Якимом Сомком набули напруженого і нещирого характеру. Як один із головних претендентів на булаву, Сомко не знайшов підтримки у російської сторони, оскільки прагнув наступного: повернення україно-московських відносин у царину міждержавних, абсолютної влади гетьмана, зменшення кількості воєвод на Лівобережжі. Оцінивши розстановку політичних сил у регіоні, Москва зробила ставку на висуванця запорожців кошового гетьмана Івана Брюховецького з його відверто проросійською позицією і обіцянками широких політичних поступок. В хід були пущені всі можливі засоби – політичні інтриги через своїх довірених осіб, таємна дипломатія, підкупи, відверте ігнорування рішень козацьких рад тощо. Зрештою, невизнання царем легітимності гетьманських виборів у Козельці (квітень 1662) та Ічні (січень 1663) не дозволило Сомку отримати реальну владу на Лівобережжі. А 18 червня 1663 р. зрежисована Москвою Чорна рада в Ніжині проголосила гетьманом Івана Брюховецького, якийсвоєюугідливістю уже повністю задовільняв Москву.
Укріпленню позицій Росії в регіоні значною мірою сприяли її прихильники із середовища українського духовенства, зокрема, ніжинський протоієрей Максим Филимонович. Ще з 1659 року він розгорнув активну промосковську діяльність і царські власті належно оцінили його послуги. У травні 1661 року Филимоновича висвятили в Москві на єпископа Мефодія і призначили місцеблюстителем Київської митрополії. Це було відвертим втручанням у внутрішні справи української Церкви і викликало невдоволення вищого духовенства, ще більше загострило внутрішні суперечності в Гетьманщині.
Важливу роль у здійсненні політики царських властей в Україні відігравали прикази Посольський, Малоросійський, Розрядний і Таємних справ. Через ці установи та воєвод, що їм підпорядковувалися, Москва простежувала і тримала під контролем ситуацію в Україні, намагалася спрямувати у потрібне політичне русло діяльність гетьманів та старшини. Водночас, через прикази Україна поступово приєднувалася до політичного простору Росії, втягувалася в систему її державного управління. Проявами цього процесу стали безпосередні зносини українців із Москвою згідно Переяславських статей 1659 року, заснування наприкінці 1662 року Малоросійського приказу, на розгляд якого передавалися численні справи, що були раніше у компетенції гетьманського уряду і, нарешті, спроба запровадження в Україні з 1666 року російської воєводсько-приказної системи.
Здобувши булаву за допомогою Москви Брюховецький змушений був виконувати свої передвиборчі обіцянки і здійснювати відповідну політику. До цього спонукали його непопулярність в Україні та цілковита залежність від Росії, активна діяльність в інтересах останньої Мефодія. На Лівобережжі фактично встановилося двовладдя гетьмана і блюстителя Київської митрополії, який діяв за вказівками царських властей. Зв’язки між українською верхівкою та Москвою набули відверто субординаційного характеру. Водночас, постійне втручання єпископа у внутрішні справи Війська Запорозького і намагання контролювати гетьмана спричинили загострення стосунків між ними, що згодом переросло у відверту ворожнечу.
Під час переговорів із царськими уповноваженими у листопаді 1663 року в Батурині щодо нової союзної угоди, уряд Брюховецького, за відсутності Мефодія, виявився не таким поступливим, як очікувала Москва. Лише під тиском обставин, в умовах вторгнення на Лівобережну Україну короля Яна Казимира, гетьман підтвердив чинність договору 1659 року і підписав пять нових, так званих “Батуринських статей”, згідно попередніх домовленостей напередодні і піля ради у Ніжині.
Провал польсько-литовського походу обернувся ще більшим укріпленням російських позицій у регіоні, тоді як Україна втратила цілком реальний шанс на об’єднання. Водночас, перебіг військової кампанії 1663-1665 рр. засвідчив небажання царського уряду продовжувати війну із Польщею за Правобережну Україну. Самостійні ж спроби Брюховецького опанувати її виявилися безуспішними.
У жовтні 1665 року під час візиту до російської столиці гетьман підписав Московські статті, що зводили автономію Війська Запорозького до рівня станової, змінюючи характер відносин між Україною та Московським царством. Царський уряд вміло використовував у власних цілях соціально-політичні суперечності українського суспільства, протистояння Мефодія та Брюховецького. Так, в основі Московського договору лежали попередні політичні пропозиції Мефодія, групи старшин на чолі із київським полковником Василем Дворецьким, що прагнули послаблення влади гетьмана, і самого Брюховецького. Останній, намагаючись позбутися впливу єпископа, неодноразово просив надіслати митрополита із Москви.
Реалізація Московських статей, а саме:прибуття нових воєвод, запровадження воєводсько-приказної системи, перепис населення та збір податків до царської казни, що розпочався наприкінці 1666 року, численні зловживання в цьому питанні російських урядовців, спричинила ускладнення загальної ситуації в Україні. Наростало невдоволення гетьманом як у козацькому середовищі, так і серед міщанства та поспільства. Повстання Переяславського полку в липні 1666 р. і бунт запорожців навесні 1667 року засвідчили розгортання антимосковського руху.
Вагомою причиною загострення відносин між двома сторонами була позиція царського уряду на переговорах із поляками, готовність Москви укласти мир, нехтуючи інтереси України. Зрештою між Польшою та Москвою було укладено спершу Андрусівське перемир’я (січень 1667 р.), а згодом Московський договору (грудень 1667 р.)
Польсько-російські домовленості з їх відверто антиукраїнською спрямованістю, чутки про передачу полякам Києва та подвійна гра московської дипломатії спричинили кризу в українсько-російських відносинах, зміну зовнішньо-політичного курсу Брюховецького і загальне антимосковське повстання на початку 1668 року. Перехопивши ініціативу, Петро Дорошенко об’єднує Україну під своєю булавою. З метою врегулювання ситуації царський уряд вдається до випробуваного вже засобу – посередництва вищого українського духовенства, надсилає грамоту із обіцянками повернення Війську Запорозькому “прав і вольностей”. Тим часом подальший розвиток подій у регіоні був несприятливим для української сторони. Ускладнення військово-політичного становища на Правобережжі, куди спішно довелося відбути Дорошенку, розгорнутий наступ російських військ, тиск промосковськи налаштованих старшин і активна посередницька діяльність на користь Росії Лазаря Барановича змусили наказного гетьмана Дем’яна Многогрішного вступити у переговори із Москвою. В результаті вже на початку жовтня 1668 року Лівобережна Україна повернулася у підданство царя.