Головкін і Шафіров дуже чемно прийняли донощиків, запевняючи в прихильності царя до них і заохочуючи, щоб розповіли все, що їм відомо. Кочубей передав документ із 26 статтями, в яких ним викладались факти, що свідчили, на його думку, про зв'язки Мазепи з Станіславом Лєщинським і Карлом XII. Стверджувалось, що гетьман зраджує царя й, навіть, готував замах на нього. 

Слідство з цієї справи царські судді почали тим, що піддали на тортури саме обвинуватців. Іскру, Кочубея та інших осіб і слуг, що були з ними, били страшним батогом, якого не знали в Україні. Кочубей та Іскра зразу ж відмовились від своїх доносів. 30 квітня їх як обвинувачених вислали до Смоленська. Головкін і Шафіров у справозданні до царя висловили своє рішення про смертну кару. Однак Петро І вимагав нових катувань. Вимучених козацьких старшин привезли до Вітебська 28 травня й знову піддали новим жорстоким знущанням. Стіни кімнати, де відбувалися нещадні катування, були вкриті кров'ю. В'язнів скували й відіслали через Дніпро до головної квартири Мазепи, що розмістилась у Борщагівці поблизу Білої Церкви. Невблаганний гетьман присудив їх до страти. Присуд виконали перед фронтом війська у присутності величезної юрби. Під сокирою ката впали голови генерального судді та полтавського полковника. 

А тим часом старшина посилила свій тиск на Мазепу. Однак тільки Орлик знав про зв'язки гетьмана зі шведським королем. Одного дня до гетьмана прийшли генеральний обозний Ломиковський і полковники — Апостол, Горленко і Зеленський, які склали текст присяги. Мазепа вніс деякі поправки. Спочатку полковники присягнули на хресті, а потім і гетьман, який зобов'язався за відповідних обставин з'єднатися з Карлом XII проти московського царя, щоб забезпечити Україні самостійність. 

Між тим таємні, через посередників, переговори українського гетьмана та шведського короля закінчилися укладенням договору, котрий ліг в основу українсько-шведського союзу 1708 р. Про цю подію, крім короля та гетьмана, було відомо тільки генеральному писарю Орлику та прем'єр-міністру Карла XII графу Піперу. Оригінал договору загинув десь під Полтавою. Граф Піпер власноручно знищив у вогні всі таємні державні папери, мабуть, у першу чергу ті, суто секретні, що торкалися Мазепи. За наказом Петра І їх марно шукали. Перший допит графа Піпера в полоні стосувався відносин Карла XII з українським гетьманом. 

До нас дійшло шість статей цього договору, зафіксованих у документі, складеному Пилипом Орликом у 1712 р. — «Вивід прав України». 

«1. Й. К. В. (його королівська величність) зобов'язується обороняти Україну і прилучені до країни козаків землі й негайно вислати туди задля цього помічні війська, коли вимагатиме того потреба і коли помочі цієї проситимуть князь (мається на увазі гетьман. — О. А.) і Стани. Війська ці, вступаючи в країну, будуть під командою шведських генералів, але під час операцій на Україні Й. В. довірить керування ними князеві та його наступникам і це триватиме доти, доки Україна потребуватиме того війська, котрому Й. К. В. видаватиме платню, а козаки постачатимуть хліб і харчі. 

2. Все, що завоюється з бувшої території Московщини, належатиме на підставі воєнного права тому, хто цим заволодіє, але все те, що — як виявиться, належало колись народові українському, передається й задержиться при українськім князівстві. 

3. Князь і Стани України, згідно з правом, яким досі користувалися, будуть заховані і вдержані на всім просторі князівства і частин, прилучених до нього. 

4. Іван Мазепа, законний князь України, жодним способом не може бути нарушений у володінні цим князівством; по його смерті, яка — треба сподіватися — не наступить ще довго. Стани України заховають всі вольности згідно зі своїми правами та стародавніми законами. 

5. Нічого не зміниться в тому, що досі зазначено, щодо герба й титулу князя України. Й. К. В. не могтиме ніколи присвоїти цей титул і герб. 

6. Для більшого забезпечення як цього договору, так і самої України, князь і Стани передадуть Й. К. В. на весь час, поки тягтиметься ця війна, а з нею й небезпека, деякі з своїх городів, а саме: Стародуб, Мглин, Батурин, Полтаву, Гадяч». 

Отже, договір Карла XII й Мазепи був договором двостороннього міжнародного характеру, він відповідав типу союзного договору двох суверенних держав. З одного боку, виступав шведський король, а з іншого — «гетьман і Стани». Шведський король гарантував Україні її вільний козацький устрій і всі землі, що належали колись до Русі. Мазепа із старшиною дуже виразно поставили справу об'єднання всіх українських земель, і в цьому вони пішли слідами своїх попередників — Богдана Хмельницького й Карла Х Густава. Швеція ще в 1657 р. гарантувала Богдану Хмельницькому відвоювання всіх українських земель. 

У договорі спеціально підкреслювалося, що шведський король ні в якому разі не може претендувати на герб і титул гетьмана України. Обидва ці елементи відігравали велику роль у міжнародному державному праві XVII— XVIII століть, оскільки були тоді символом і зовнішньою ознакою суверенності краю. Україна мала гіркий досвід із Москвою, в договорі з якою це питання не порушувалося. Царі узурпували титул України. Олексій Михайлович зразу ж став називатися — «цар Малої Росії». Тому при переговорах Богдана Хмельницького з Карлом Х щодо герба й титулу України робилося спеціальне застереження, яке повторилося і в договорі Карла XII з гетьманом Мазепою. 

Поряд із позиціями конституційного характеру в українсько-шведському договорі 1708 р. були положення, що мали тимчасовий характер і спричинювалися тогочасною воєнною ситуацією. У 1708 р. Карл XII вирішив вступити в Україну. Таке рішення зумовлювалось проблемою, яка виникла з постачанням армії продовольства. Становище в Україні на той час змінилося, оскільки Мазепа на вимогу Петра І змушений був відрядити йому 15 тисяч добірного козацького війська, натомість в Україну були введені російські військові з'єднання. Існувала реальна загроза, що прихід шведських армій призведе до появи в Україні додаткових петровських військ. 

Однак надійшла вирішальна година з'єднання козацьких військ із шведською армією, на прихід якої чекав Мазепа. Він висилає до головної квартири шведського короля в Могилів своїх посланців з проханням прискорити вступ армії Карла XII в Україну, щоб випередити московські війська. Тим часом Мазепа готується до оборони від царських військ, збирає запаси харчів у великих містах, зміцнює Батурин. У це дуже укріплене місто з численною артилерією і з великим складом бойових запасів завезли нові гармати. Робляться ці приготування відкрито, адже цар упевнений, що вони спрямовані проти шведів. Мазепа нагадує священикам відправляти богослужіння в церквах за перемогу Петра І. Ця надмірна обережність та й ще в рішучий час обернеться згодом проти самого гетьмана., Коли він відверто змінить свою позицію, народ його не підтримає. 

На настирливу вимогу царя негайно вислати козацькі полки на з'єднання з російськими військами, Мазепа прикидається тяжко хворим. Уміло обманює царського посланника Протасієва, що інформує Головкіна про смертельну недугу гетьмана. Мазепа ж негайно повідомив графа Піпера; що з утіхою зустріне шведську армію, й передав інструкцію, як здійснити переправу через Десну. Карл XII надто довго витрачав дорогоцінний час і тільки 16 вересня 1708 р. віддав наказ передовим частинам генерала Лягенкрона перейти кордони України, зайняти Стародуб і з'єднатися там з гетьманською армією. Але Лягенкрон збився з шляху, прогаяв час, і царські війська випередили його. Петро І теж віддав наказ військовому з'єднанню під командуванням німецького генерала Інфлянта зайняти Стародубську фортецю з огляду на її першорядне стратегічне значення. 

Через кілька днів уся шведська армія на чолі з королем вступила в Україну. Цей багатий край із природними скарбами, з величезними набутками працьовитих рук, де кожне село могло прогодувати цілий полк, здався шведам землею обітованою. Французький посол при дворі Карпа XII Безенваль писав 25 вересня 1708 р.: «Україна така багата харчами всякого рода, яких сама не може з'їсти ані вивезти на чужину для торгівлі, що й населення має завсігди на кілька літ відповідні засоби». 

Шведи поводилися в Україні як союзники, дружньо, шанували мешканців, платили золотом за реквізиції. На противагу їм царські війська в Україні, за своєю традиційною тактикою, залишали по собі пустелю, проганяли селян, руйнували й грабували села та хутори. 

Наприкінці вересня гетьман зібрав надзвичайну раду і звернувся до її учасників: «Панове полковники, чи маю я злучитися, як мені наказує цар, з генералом Інфлянтом?» Рада одностайно висловилася, щоб Мазепа відправив послів до шведського короля просити допомоги і об'єднатися з козацьким військом з метою перешкодити московській армії в поході на Україну. Настрій ради був такий, що відчувалося: якби Мазепа відмовився, вибрали б іншого гетьмана й доручили йому очолити війну проти царя. Тоді Мазепа наказав Орлику зачитати текст договору з Карлом XII. Усі в захваті виголосили славу на честь України й її гетьмана. 

На чолі п'ятитисячного козацького війська виступив гетьман із Батурина на з'єднання зі шведською армією. Стільки ж козаків із чотирьох сердюцьких і Лубенського, Миргородського і Прилуцького полків на чолі з сердюцьким полковником Чечелем і гарматним осавулом Кенігсеном залишив Мазепа для захисту гетьманської резиденції, батуринського палацу й фортеці, наказавши не допускати царські війська в Батурин. 

З гетьманом ішли: з генеральної старшини — суддя Семен Чуйкевич, обозний Іван Ломиковський, писар Пилип Орлик, осавули М. Гамалія та Д. Максимович, хорунжий Іван Судима, небіж Мазепи Андрій Войнаровський, бунчуковий товариш Федір Мирович, Клим Довгополенко, Григорій, Іван і Панас Герцики, Федір Нахимовський, Федір Третяк, Андрій Гамалія, Семен Лизогуб; із канцелярії — писарі Михайло Ломиковський, Яків Гречаний, Іван Максимович та канцеляристи Антонович і Григорович; полковники — київський Констянтин Мокієвський, прилуцький Дмитро Горленко з зятем Бутовичем, лубенський Семен Зеленський, миргородський Данило Апостол, компанейські Гнат Галаган та Ю. Кожуховський, сердюцький Яків Покотило. Усі зі своїми полками.

Коли українська армія після денного переходу переправилася через річку Десну на правий її берег, Мазепа вперше відкрився перед козаками, більшість із яких не знали про істинні наміри гетьмана і вважали, що вони йдуть у наступ на Карла XII. Мазепа урочисто повідомив козакам, що веде їх проти «одвічних ворогів» українського народу, проти московського царя, який хоче відібрати права та вольності українців, скасувати гетьманську владу й козацьке військо, а самих козаків зробити невільниками. 

Гетьман проголосив: настав час, коли можна скинути ненависне ярмо і зробити з України вільну й незалежну державу. У цьому допоможе шведський король Карл XII, який присягає, що боронитиме Україну всіма доступними йому засобами проти московських намагань, забезпечить незалежність. Мазепа переконував, що це єдиний спосіб урятуватися Україні, яка внаслідок російсько-шведської війни опинилася «між двома проваллями». Хоч би хто із тих двох воюючих — цар або король — переміг, для України однаково настане лиха година, рабство. Переможе король шведський — і «ми неминуче причислені будемо до Польщі і віддані на волю його улюбленця короля Лєщинського... й пораховані будемо як завойовані... отже, будемо рабами». А якщо переможе російський цар? Він-бо «карає народ так свавільно, і не тільки свобода й добро, а й саме життя підбите єдиній волі та забіганці царській». Таким чином, єдиним порятунком для України є рівноправний союз зі Швецією. 

8 листопада о дев'ятій годині ранку в Горки, де розміщувалася головна квартира шведського короля, прибув український гетьман з усім своїм військом в оточенні особистої гвардії. Перед ним несли бунчук і булаву, прикрашені дорогоцінними каменями. Карл XII зустрічав Мазепу з найвищими державними достойниками, полководцями, відзначеними хоробрістю та іншими воїнськими заслугами, командирами й вишикуваними найкращими полками шведської армії. 

За кілька кроків від короля Мазепа зійшов з коня на землю й добірною латинською мовою привітав його, дякуючи Богові, що прислав Карла в Україну скинути московське ярмо. Король був у захопленні від особистості Мазепи. Він побачив перед собою володаря-європейця, людину великого інтелекту, з вишуканими манерами, який тримався гідно й незалежно. 

Карл XII поставив до українського гетьмана з найвищим пієтетом, схилив низько голову перед ним і запросив сісти на фотелі, а сам стояв перед ним, знехтувавши таким чином етикетом заради Мазепи. Карл XII подякував і дав королівське слово, що не складе зброї, доки не забезпечить Україні незалежність. І потім, впродовж усього часу спілкування, й тоді, коли Мазепа був у вигнанні, Карл XII, будучи людиною чесною й благородною, цінував і шанував гетьмана, незмінно виявляв до нього глибоку повагу та щиру симпатію. 

Після кількох днів святкування на честь українсько-шведської дружби, об'єднані війська вирушили до Батурина. 

Меншиков із передовими московськими силами наблизився до Батурина, все ще сподіваючися з'єднатися з військами Мазепи, хоча вже розійшлися чутки про від'їзд гетьмана для злуки зі шведським королем. Батурин зустрів Меншикова гарматними пострілами. Дізнавшися, що гетьман переправився через Десну, Меншиков остаточно впевнився про перехід Мазепи до шведів і негайно повідомив про це Петра І. Цар здивувався, навіть розгубився. На нього найшов приступ шаленої люті й ненависті. Складалася загрозлива ситуація. Шведські війська, посилені козацькими, могли завдати поразки царю, й тоді Московію спіткала б доля її союзників по коаліції. Однак особливістю Петра було вміння не втрачати голови в найкритичніші моменти, зосереджувати свої сили на головному, приймати важливі рішення й діяти з нестримною енергією. 

Й цього разу Петро з блискавичною швидкістю приймає рішення: видати маніфести до всього українського народу, старшині обрати нового гетьмана, а Меншикову штурмувати Батурин, вживаючи безоглядного терору, щоб із самого початку відстрашити населення України від шведів. 

Сьомого та восьмого листопада з'явилися царські маніфести, просякнуті підлою демагогією й нахабною брехнею. Цар робив усе можливе, щоб підірвати престиж Мазепи, звести наклеп на його політику й союз зі шведами, відвернути народні маси від гетьмана, спрямувати настрої в інший бік. У маніфесті Петро називає Мазепу зрадником царя, обвинувачує його в тому, що він нібито хоче віддати Україну в польську неволю й силоміць обернути українців у католицьку віру, передати унії православні церкви й монастирі. Про шведського короля писав, буцімто він, де тільки не проходив, «церкви їхні й святині грабував і обертав їх на стайні й поварні, священство тиранив і вбивав, утвар церковну переробляв на світські непристойні речі, образи святі зневажав, нищив і ногами топтав». 

Цар закликав український народ залишатися йому вірним і обіцяв таких вольностей, яких не має жодний народ у світі. Він писав: «никогда я въ мысляхъ не имелъ обижать, разорять і порабощать вольнфй народ Малороссійскій. Можно нелестно сказать, что ни единый народ под солнцем не может хвалиться такою легкостію и свободою, як же нашъ народ Малороссійскій». 

Той самий цар, який чекав тільки нагоди, щоб знищити Україну, в маніфесті виступив як її оборонець, більше того — як захисник українських селян. Він нібито скасував податки, що їх, як він стверджував, раніше наклав Мазепа для свого збагачення. Це мало вплив на свідомість народу — московського царя протиставляли українській старшині. 

Такі маніфести та прокламації до українського народу видавали й шведський король і Мазепа. Гетьман намагався донести до населення мотиви його союзу зі шведами. Мазепинські письмові звернення до народу розшукували, знищували, тероризували тих, хто їх розповсюджував. Розгорнулася війна маніфестів. Петро І мав значні переваги в засобах цієї «прокламаційної» боротьби. його укази друкувалися в багатьох примірниках. Тільки в друкарні Києво-Печерської лаври до 10 листопада 1708 р. було виготовлено 634 примірники. Князь Голіцин роздавав їх іноземним послам. Крім того, він наказав зачитувати їх у церквах під час служби. 

11 листопада Меншиков прийшов до Батурина з великим військом і зробив так, як йому наказав цар. Коли царський офіцер-парламентер ствердив, що залога тримається непохитно, Меншиков вирішив узяти Батурин приступом. Війська переправилися через Сейм і почали штурмувати фортецю, але гармати Кенігсена змели їм мости й примусили солдатів відступити в безладді. Всі спроби порозумітися через кількох парламентерів були рішуче відкинуті захисниками Батурина. Меншиков кілька разів кидав свої війська на стіни Батурина, але козаки хоробро захищали місто і його укріплення, відкидали ворога від міських воріт. Рови заповнилися трупами, але запекла битва тривала й за стінами міста. 

Неспроможний подолати козаків, Меншиков вирішив відступити від Батурина й навіть перейшов річку. Він мусив поспішати, бо вже наближалися шведи із Мазепою. Але тут на поміч Меншикову прийшов прилуцький полковник Ніс, який перебував у Батурині. Він відправив навздогін Меншикову свого прибічника Соломаху сказати йому, що в Батурин можна увійти засвіт, коли козаки будуть спати, потаємним ходом. Про нього знав дуже малий гурт довірених козаків. 

Уночі зрадники ввели царські війська на середину майдану, й ті накинулися на сонних козаків. Потім почалося знищення жителів Батурина. Козаки і батуринці в перехресному вогні відчайдушне, геройськи боронилися. Військо московське палило й грабувало місто, ґвалтувало і вбивало жінок. Згодом пожежа несамовитим полум'ям охопила місце різні і грабунку. Меншиков дав наказ не щадити нікого й убивати навіть дітей. «Вибив усіх їх до ноги, не милуючи ні статі, ні віку, ні самих молочних немовлят», — писав автор «Історії русів». Козаки, які потрапили в полон, особливо старшини, були по-варварськи закатовані. Сам Меншиков із катами вішав і мучив людей. «Звичайна кара була для них живцем четвертувати, колесувати і на палю вбивати, а далі вигадано нові роди тортур, що саму уяву жахали». Один із сучасників свідчив: «Всі жителі перерізані — се звичай нелюдських московитів. Меншиков звелів прив'язати до дощок трупи начальних козацьких людей і пустити по річці Сейм, щоб вони подали звістку іншим про погибель Батурина». Виловлювати та ховати жертви під загрозою смертної кари було суворо заборонено. 

Вся артилерія Мазепи (більше 70 гармат), його прапори, відзнаки, й усі дорогоцінності опинилися в руках Меншикова. Закінчуючи розповідь про страшний кривавий розгул терору Меншикова, що тривав два дні — 13 і 14 листопада 1708 року, про безглузде й жорстоке спалення і зруйнування Батурина, про вирізаних дітей і людей похилого віку, про знищення козацької залоги (понад 15 тисяч чоловік), автор «Історії русів» зазначав, що царські солдати руйнували навіть церкви, хоча були одновірцями з українцями. «Усе місто і всі громадські його будівлі, себто церкви і урядові будинки з їхніми архівами, арсенали і магазини із запасами з усіх кінців запалено і обернено на згарище. Тіла побитих християн та немовлят кинуто на вулицях і поза містом... Меншиков, поспішаючи з відступом і бувши чужий людяності, полишив їх на поталу птицям небесним і звірам земним, а сам, обтяжений незліченними коштовностями і скарбами міськими й національними і забравши з арсеналу 70 гармат, одійшов від міста і, переходячи околиці міські, палив і руйнував усе, що траплялося йому на дорозі, обертаючи селища народні на пустелю. Така сама доля спіткала більшу частину Малоросії. Загони війська царського, роз'їжджаючи по ній, палили й грабували геть усі оселі без винятку, за правом війни, майже нечуваним. Малоросія довго ще курила після полум'я, що її пожирало».

Страшні репресії викликали жах в Україні. Люди залишали міста й села, утікаючи в степи. З острахом і огидою приглядалася Європа до бузувірської різні, вчиненої Петром І в Україні. Український історик Ілько Борщак, який протягом десятиліть працював у французьких архівах і бібліотеках, розшукав багато цінних невідомих документів і матеріалів з історії України, особливо Мазепипської доби, в книжці «Іван Мазепа. Життя і пориви великого гетьмана» наводить промовисті назви статей із французьких газет і часописів, що вийшли в 1708 р.: «Страшна різня», «Руїна України», «Жінки і діти на вістрях табель», «Всі мешканці Батурина, без огляду на вік і стать, вирізані, як наказують нелюдські звичаї московитів», «Ціла Україна купається у крові. Меншиков уживає московського варварства». 

Наказавши негайно вибрати нового гетьмана, цар прагнув принизити авторитет Мазепи в очах шведів. У Глухів, де розмістилася головна квартира царських військ, 17 листопада з'їхалося всього чотири полковники з козаками, а також духовенство — високі ієрархи. Вибори відбувалися під прицілом царських рушниць. Та все ж іще стало в козацької старшини духу, перше, ніж приступити до вибору, просити царя підтвердити всі давні права і вольності українського народу. І цар клявся, що всі права й свободи збереже. Гетьманом «вибрали» за волею царя стародубського полковника Івана Скоропадського, знесиленого старця. Кандидатура молодого й талановитого ніжинського полковника Полуботка, щирого патріота, якого пропонували старшини, була відхилена царем, бо, як сказав Петро І, «з Полуботка може вийти другий Мазепа». 

Скоропадський був давнім приятелем Мазепи, який його запрошував приєднатися до союзу зі шведами. Але Скоропадський, маючи в безпосередньому сусідстві царські війська, на це не наважився. Проте, шануючи Мазепу, він спочатку ухилявся від виборів, але тиск на нього був таким, що вимушений був погодитися. Текст присяги Скоропадського на вірність царю мав принизливе зобов'язання, згідно з яким гетьман «не буде мати ніякого зв'язку з Мазепою і буде повідомляти царя про всі хвилювання народу і його симпатії до Мазепи». 

Після процедури виборів на ринковому майдані влаштували за наказом царя і в його присутності видовисько з театральним ефектом — символічне покарання — страту Мазепи, яку Петро І назвав «сошедшие Мазепы в ад». Збудували риштування, встановили на ньому шибеницю й принесли туди опудало, зроблене й одягнуте під Мазепу. Меншиков і Головкін увійшли сходами на шибеницю, роздерли диплом, за яким Мазепа був колись нагороджений найвищим орденом Росії — святого Андрія Первозванного. Писар зачитав злісну пародію смертного присуду. Опудало повісили на шибеницю, а потім кат тягав його серед пилу вулицями міста, топчучи ногами. 

Петру здалося й цього замало. Він відновив середньовічний московський обряд, тоді на Україні невідомий,— анафему. 23 липня у глухівській Святотроїцькій церкві в присутності царя і його царедворців і генералів, козацької старшини, яка залишилася під московською владою, проводилося несамовите богослужіння. Священики й ченці, яких зібрали з усіх кінців, були вдягнені в сумні однострої чорного кольору, тримали в руках довгі, як козацькі шаблі, свічки з воску, зафарбовані сажею. 

Співаючи псалми, вони оточили опудало, а потім, обертаючи на нього свої чорні свічі, стали волати разом із дяками й паламарями: «Да будет Мазепа проклят». Потім архієрей вдарив опудало палицею в груди і крикнув: «На зрадника і відступника Івана Мазепу анафема». Опудало з криками поволокли з церкви, а за ним ішли священнослужителі, співаючи: «Днесь Иуда оставляет учителя и приемлет диавола». Цар видав спеціальне доручення, щоб того самого дня таку ж відправу влаштували в Москві в Успенському соборі в присутності царевича Олексія і всього двору. 

Було щось сатанинське в цьому наказі Петра І: проклинати Мазепу в церквах, збудованих на його кошти. Анафему Мазепі проголошував українець, видатний вчений, вчитель Пилипа Орлика, автор панегірика на честь Мазепи, царський митрополит Стефан Яворський. Частина здеморалізованого українського духовенства, що відійшла від традицій незалежної автокефальної національної церкви, вірно служила цареві. З того часу понад два століття щорічно в церквах усієї Російської імперії проклинали Мазепу й проголошували йому анафему. 

Анафема була знята через 210 років як неправомірна антицерковна акція. Цар Петро як мирська, світська людина не мав права наказувати і влаштовувати таке дійство в церкві. Прерогатива цього могла належати тільки Собору або Синоду. До того ж не було соборної постанови православної церкви. Вселенська церква визнала оголошення такої анафеми як підкорення православною церквою закону Божого законам сатрапа. У 1918 р. анафема щодо Мазепи була знята, але не російською православною церквою, а Українською автокефальною в Києво-Софійському соборі. 

Цар бажав перетягнути на свій бік козацьку старшину. Всі маєтки Мазепи й «мазепинців» він проголосив конфіскованими й пообіцяв роздати їх старшинам, які доведуть свою вірність царю. Та козацька старшина, котра прибула за першим наказом до Глухова на вибори нового гетьмана, щедрою рукою була обдарована грамотами на маєтності. З конфіскованих маєтностей цар подарував великі земельні латифундії своїм генералам і міністрам: Меншикову, Головкіну, Долгорукову, Шафірову, Шереметєву та іншим. 

Нагороджено й тих, хто зробив на когось донос, звинувачуючи, що той є явним чи таємним прихильником Мазепи. Антипатріотичні елементи українського суспільства намагалися використати момент, аби збагатитися, зробити кар'єру таким неправедним, чорним шляхом. Це дуже поглибило деморалізацію суспільства; Водночас розшукували багатства Мазепи, які він закопав у різних місцях. Із цього скарбу Голіцин одержав 25 тис. крб. — «за працю при облозі Батурина», Меншиков — 6 тис. 

Цар усіляко намагався залякати український народ, нещадним терором знищити у нього всякий дух опозиції. На прибічників Мазепи, тих, кого підозрювали у зв'язках з ним, на старшин, які не прибули на вибори нового гетьмана, посипалися страшні репресії. Людей розшукували по домівках, а потім зводили до містечка Лебедина, біля Охтирки, куди були перенесена головна царська квартира з Глухова. Там їм завдавали таких варварських мук і страждань, які могла вигадати тільки садистична уява Петра, котрий сам давав точні інструкції. 

Система жахливих тортур, від яких люди божеволіли, мала поетапний характер: батіг, розпечене залізо, колесування, четвертування, вбивання на палю, здирання шкіри живцем. Коли нещасні не витримували і зізнавалися в неіснуючих гріхах, наставала найлегша в цьому пеклі кара — шибениця або сокира в руках ката. 900 осіб упали жертвами, не витримавши до кінця нелюдських тортур. У Лебедині з'явилося тоді велике кладовище, яке в народі називали «гетьманським цвинтарем». 

Дикі криваві оргії Петра І та його сатрапів значно перевищили все, чого зазнав народ за часів руїни. В Україні навіть для кримінальних злочинів не застосовували нелюдських мук, які широко практикував Петро І. 

Через 90 років автор вищезгаданої «Історії русів» назвав це «лебединськими тиранствами і звірячими лютостями, що жахають саму людську уяву». На його думку, насильствами, жорстокостями, кровопролиттям цар прагнув викоренити, знищити ідею права народної свободи, як одного з принципів розвитку нації. «Зостається тепер розмислити і посудити, що, коли, за словами самого Спасителя, в Євангелії списаними, які суть незмінні і непроминальні: "Всяка кров, проливана на землі, доправиться з роду свого", — то яке доправлення належиться за кров народу Руського, пролиту від крові Гетьмана Наливайка до сьогодні, і пролиту великими потоками за те єдине, що прагнув він волі, або ліпшого життя у власній землі своїй і мав про те задуми, всьому людству властиві?» 

Взагалі царський режим із його батогами, тортурами, засланнями до Сибіру тяжко .деморалізував козацьку старшину, еліту українського народу. 

Тим часом бойові дії розвивалися. 16 листопада шведсько-українські війська переправилися через Десну. Російські війська даремно намагалися їм перешкодити, їх розігнала шведська артилерія. 23 листопада союзники переправилися через ріку Сейм і підійшли до того місця, де раніше стояв Батурин. Замість своєї могутньої, розкішної столиці гетьман побачив руїни, обсмалені вогнем і щедро политі людською кров'ю, трупи її оборонців. Не залишилося жодної живої душі. 

29 листопада Карл XII і Мазепа зайняли Ромни, на другий день — Гадяч, фортецю великої стратегічної ваги. Ромни Карл XII зробив головним місцем перебування своїх військ. Через Ромни, Гадяч, Прилуки та Лохвицю проходив фронт шведської армії. Царські війська розгорнули наступ на Північну Україну й розташувалися на окраїнах Полтавщини і Харківщини. Війська Петра І намагалися тривожити свого супротивника дрібними нападами. 

Взимку 1708—1709 років ударили люті морози, від яких загинуло більш як чотири тисячі шведів. Гадяч перетворився на величезний шпиталь. Шведська армія, вже до того ослаблена, кількісно зменшилась. Однак саме в люті морози шведські й козацькі війська, головну квартиру яких Карл XII переніс до Зінькова, здобули перемогу в боях під Веприком, а також біля Гадяча. Воєнні операції були проведені на Слобожанщині, де під Красним Кутом відбулася велика битва. Карл завдав петровській кінноті такого удару, що вона на тривалий час втратила свою боєздатність. Але несподівано настала відлига, все вкрилося водою. Сутички припинилися. Шведи й козаки відійшли. Свою головну квартиру вони перенесли до Будища на правому березі річки Ворскли.