Останній кошовий отаман Запорозької Счі Петро Калнишевський прожив довге життя — 112 років. Рубежі трьох століть — XVII, XVIII і XIX — пройшли через його долю. Проте достовірні дані, підтверджені архівними документами про його діяльність, маємо лише за час його перебування в останній Запорозькій Січі, яка звалася Підпільненською або Новою й існувала в 1734-1775 роках. Цей період біографії Калнишевського став відомим передусім завдяки унікальному архіву Коша Запорозької Січі, що чудом зберігся до нашого часу. Період 25-річного перебування Петра Калнишевського в ув'язненні в Соловецькому монастирі, де він і закінчив своє життя, відбито в документах архівного фонду архангельського губернатора та інших архівів.
Про ранній період його життя знаємо тільки легенди та усні перекази. Впевнено можемо сказати, що народився Петро Калнишевський у селі Пустовійтівка біля міста Ромни. У зрілі вже роки Петро Калнишевський побудував у рідному селі церкву. В документах, пов'язаних із її будівництвом, фіксується місце народження Калнишевського та ім'я його батьків: мати Агафія, батько — Іван.
Ім'я Петра Калнишевського виринає в документах архіву Коша Запорозької Січі з початку 50-х років XVIII ст., коли він займає вищі старшинські посади. Спочатку був військовим осавулом, котрий відповідає за стан і організацію війська, потім — військовим суддею, тобто третьою особою після кошового отамана, яка входить до складу Коша (запорозького уряду). З 1762 р. — він короткий час був кошовим. І, нарешті, в 1764-1775 роки Калнишевський — беззмінний кошовий отаман. Він керує Запорозькою Січчю упродовж десятиліття, що передувало катастрофі — остаточному знищенню російським царизмом Запорозької Січі.
Територія Підпільненської або Нової Запорозької Січі називалася «Вольності Війська Запорозького» і займала великий простір на південь від річок Тясмина та Орелі в межах сучасних Запорізької, Дніпропетровської, Донецької, Кіровоградської, Луганської, Херсонської та Миколаївської областей. Назва «Вольності Війська Запорозького» певною мірою відбивала історичну ситуацію, що склалася на той час. Санкціонуючи подібне визначення для володінь Запорозької Січі, царський уряд визнавав тим самим своєрідність, самостійність її адміністративно-політичного та соціально-економічного ладу, а також її автономію.
Історія Підпільненської Січі бере початок у 1734 р., коли помер гетьман Данило Апостол, і цариця Анна Іоаннівна знову заборонила гетьманські вибори. Тимчасове відновлення гетьманства в 1750 р. імператрицею Єлизаветою Петрівною, яка ставилася прихильно до України, було остаточно скасоване Катериною II, за часів царювання якої феодально-кріпосницькі відносини в Російській імперії досягли найвищого ступеня розвитку. Насамперед, це виявилося в подальшому зростанні дворянського землеволодіння, посиленні процесу закріпачення селян.
Запорозька Січ залишалася своєрідним острівцем в океані феодально-кріпосницького й національного гноблення Російської імперії, останнім оплотом демократизму й національної незалежності. Нові, прогресивні для того часу, буржуазні відносини, які розвивалися на Запорозькій Січі, в Російській імперії пробивали собі шлях із величезними труднощами й перешкодами, їм активно протидіяли соціально-економічні та політичні сили, які на Лівобережній та Слобідській Україні репрезентувалися, російськими та українськими феодалами, зокрема значною частиною козацьких старшин, що вже не виступали, як раніше, за збереження автономії України, а вимагали надання їм прав та привілеїв російського дворянства.
Зрозуміло, що саме державне буття Січі з притаманними їй вольностями, демократизмом та антикріпосницькою суттю суперечило основним напрямам колоніальної феодально-кріпосницької внутрішньої й зовнішньої політики абсолютистського уряду Катерини II.
У XVIII ст. Запорозька Січ зберігала автономію й українську державність, які великою мірою базувалися на давніх традиціях і мали коріння в історичному минулому українського народу. Політична автономія, самобутній республіканський лад Січі з його демократичними порядками — частим проведенням рад, на яких вирішувалися найголовніші козацькі справи, виборністю старшини, місцевим самоврядуванням, своїм судом, — усе це було історичною антитезою російському самодержавству, абсолютній монархії. Проводячи політику ліквідації автономії України, імперський уряд, зрозуміло, не міг обминути й Запорожжя. Проте зовнішньополітичні та військові інтереси царизму протягом деякого часу не дозволяли йому здійснити цей вирок.
Царизм скасував Січ через 15 років після ліквідації Гетьманщини в 1764 р., хоча ще раніше розгорнув наступ на її землі, права та особливий устрій. Саме в таких історичних умовах запорозька рада на Січі вручила булаву Петру Калнишевському, обравши його кошовим отаманом. Посівши місце голови уряду запорозької республіки, Калнишевський виявив талант державного діяча й адміністратора, дипломата й воєначальника.
В економічній політиці кошовий атаман дбав про розвиток сільського господарства в Запорозькій Січі, поширення торгівлі, енергійно займався колонізацією Запорожжя. На рахунок прогресивної, плідної економічної діяльності Калнишевського слід віднести той факт, що останній період в історії Запорожжя позначився помітним економічних піднесенням. Значно зросла кількість запорозьких зимівників — багатогалузевих господарств фермерського типу, що базувалися на власній і найманій праці.
Зростання землеробства й розвиток скотарства на Запорозькій Січі поєднувалися з поширенням там різних промислів (мисливства, рибальства, млинарства, рудництва тощо), а також удосконаленням ремесел. Запорозька Січ завжди провадила активну й жваву внутрішню і міжнародну торгівлю. Підпільненська Січ зберігала високий рівень розвитку торгівлі.
На ремісничо-торговельному передмісті Січі — Гасан-Баші серед численних лавок, яток, шинків можна було побачити багато іноземних купців. У зовнішній торгівлі переважали зв'язки з Лівобережною і Правобережною Україною, російськими містами. У міжнародній торгівлі передусім — із Кримським ханством і султанською Туреччиною. Традиційним був торговий шлях Стамбул — Очаків — Січ. Чимало запорожців чумакувало. До складу архіву Коша Запорозької Січі входять документи торговельних компаній, копії купчих, векселів, листування з питань торгівлі з гетьманським урядом, українськими слобідськими полковниками, російськими генерал-губернаторами, польсько-шляхетською адміністрацією, царськими властями, ханським урядом, ногайськими ордами. Ці документи свідчать про широкі торговельні зв'язки Запорозької Січі, її значну роль у транзитній торгівлі. Адже Запорожжя лежало на торгових шляхах, де перехрещувалися інтереси сусідніх держав — Польщі, Росії — з Гетьманщиною, а Криму — з Туреччиною.
На Запорожжі існувала розвинута статистична служба, що була для того часу досить винятковим явищем і свідчила про певну досконалість системи управління. Статистичні відомості фіксувалися в численних «переписах», «реєстрах», «відомостях», «описах», «компутах», «списках», «екстрактах», якими рясніє запорозький архів. У них є зведені дані про населення, кількість дворів, хат, худоби, майна в селах, слободах, селищах, зимівниках кожної з дев'яти паланок — тобто адміністративно-територіальних областей, де жили сімейні запорожці з родинами та селяни, так звані «військові посполиті» або, як їх ще називали, «піддані Війська Запорозького».
Володіючи узагальнюючою, всебічною інформацією, в якій, ніби у фокусі, були сконцентровані дані про різноманітні явища та події, що відбувалися на запорозьких землях, кошовий отаман Калнишевський мав змогу певною мірою коригувати й спрямовувати процеси їхнього розвитку. Наприклад, у 1768 р. були зібрані статистичні відомості по паланках про кількість загиблих під час лютої зими 1767-1768 років, коли не вистачало коней, рогатої худоби, овець, із переліком сіл, хуторів, зимівників, господарів. Виявивши тяжкий стан у скотарстві, запорозький уряд ужив заходів до його поліпшення.
Свою колонізаційну діяльність, зокрема заселення Запорожжя, Іван Калнишевський примушений був поєднувати з боротьбою проти наступу царизму на «Вольності Війська Запорозького», захоплення ним запорозьких земель. Обравши курс на поступове скасування Січі, імперський уряд активізував спорудження фортець і впровадження поселень на запорозькій території, прагнучи таким чином відмежовувати Запорожжя від Лівобережної та Правобережної України. Ці поселення залюднювалися здебільшого іноземцями.
Ще 1687 року за рахунок запорозьких рибництв, пасік та мисливських угідь на р. Самарі було збудовано Богородицьку фортецю. Запорожці протестували, відчуваючи, що фортеця може стати прецедентом для майбутньої окупації Запорожжя царськими військами. Москва відговорювалася, що фортеця — тимчасова, існуватиме, поки триває кримський похід царських військ і козацьких полків. Однак фортеця так і залишилася стояти на запорозькій землі.
Згодом на лівому березі Дніпра, в Кам'яному Затоні, було зведено нову фортецю, на яку покладалася функція контролю над Січчю. 1735 року за два кілометри від Січі для утримання козаків «в надлежащем порядке» було збудовано Новосіченський ретраншемент, комендант якого підлягав київському генерал-губернатору. Частина запорозьких земель увійшла до складу створеної в 1754 р. Єлизаветградської провінції. Що ж до збудованої фортеці св. Єлизавети, то на неї покладалося завдання на річках Самоткань та Верблюжій перехоплювати селян-утікачів та гайдамаків.
1767 року Січ у своєму Наказі до Комісії по складанню нового Уложенія викладала своєрідну історію наступу на запорозькі володіння. У ньому говорилося про «розорення, образи, смертоубивства», що їх чинили загони царських військ, а також про поселення Новослобідського полку при фортеці св. Єлизавети та про створення слободи Нової Сербії, під які «вширину і вдовж немало землі, з лісами і рибними ловлями зайнято». Козаків Бугогардійської та Кодацької паланок, що господарювали на цих землях, із зимівників вигнали. Великих збитків зазнали запорожці й під час розмежування російсько-турецьких кордонів, коли в 1746 р. від їхніх володінь відрізали понад 300 верстов степу і Приазовського узбережжя. Тоді ж частину запорозьких земель віддали Донському війську.
Із створенням у 1754 р. між Запорожжям і укріпленою Українською лінією нової системи військових поселень, так званої Слов'яносербії, Військо Запорозьке, за образним висловом Мазепиних сподвижників Федора Мировича і Федора Нахимовського, переказаним на Січі військовим писарем Романовським, було «все в мішок убрато». Романовський спеціально їздив до Криму, щоб побачитися з Мировичем і Нахимовським. Спостерігаючи наступ царизму на запорозькі землі, вони зробили прозорливий висновок: «росіяни... нині вже Військо Запорозьке дорешти вигубити хотять, для чого знову на сьому боці Дніпра фортеці, як ось Єлісавет і прочія, пороблені, і уж Військо Запорозьке в мішок убрато, і тільки ж ще щоб як то мішок зав'язати, росіяни способу не обрали».
Утверджуючи свої позиції в українських південних степах, царський уряд заснував у 1767 р. Новоросійську губернію на базі Нової Сербії, Слов'яносербії, поселень Слобідського та півтора десятка сотень Миргородського, Полтавського та інших лівобережних полків і запорозьких земель по річці Інгул.
Царський уряд наклав свою руку і на Прогної з соляними озерами, якими користувалися запорожці, а також на перевози, що лежали на водних шляхах до Чорного моря й належали Січі. Спершу царські власті віддали їх під нагляд своїх урядовців, а згодом почали відбирати у Коша всі прибутки, що надходили з перевозів.
1770 року розпочалося будівництво Дніпровської укріпленої смуги, що починалася біля острова Хортиця, йшла вздовж кордону Запорожжя і Кримського ханства до гирла річки Берда біля Азовського моря. Військові інженери-фортифікатори й коменданти гарнізонів по-хижацькому знищували ліси, байраки, розбирали в зимівниках будівлі. На форт-штадтах нових фортець поселяли однодворців, пікінерів, зайд. Крім військових поселень, царські офіцери засновували на запорозьких землях свої власні слободи з селянами, перетворюючись таким чином на поміщиків-кріпосників. Отже, імперський урядовий наступ на Вольності Війська Запорозького супроводжувався загарбанням козацьких земель українськими та російськими поміщиками, представниками лівобережної та слобідської старшини, монастирями.
Боротьба запорожців проти кріпосницького колоніального наступу царизму, українських та російських феодалів, за збереження своїх прав і володінь досягла апогею в останнє десятиріччя існування Січі. Один із істориків — Шиманов — у 1888 р. назвав її «передсмертною поземельною боротьбою Запорожжя», яка спрямовувалася проти кріпосництва, оскільки запорозьке козацтво мало, за твердженням цього дослідника, «більш справедливий суспільний... лад, ніж самодержавна монархія».
Опір козаків наступу царизму на їхні права та землі відбувався в різних формах. Часто за негласними розпорядженнями Коша й особисто Калнишевського, а інколи й відкритих рішень запорозької січової Ради заселялися зимівниками кордони; військові запорозькі команди, окремі запорожці вступали в сутички з гарнізонами фортець, розкидали будівлі, розганяли пости, спалювали оселі. Збройний характер мали також сутички між запорозькими козаками й слобідськими та лівобережними поміщиками, котрі намагалися засновувати маєтки на землях Січі.
Запорозькі козаки не тільки вдавалися до зброї, але й прагнули здебільшого розв'язувати спірні питання мирним шляхом, політичними засобами. Неодноразово кошовий уряд звертався зі скаргами й протестами до царських властей. Писали козаки й малоросійському генерал-губернатору, військовому командуванню під час війни. Безпосередньо зверталися до імператриці Єлизавети Петрівни, до Катерини II. Депутати з Запорожжя, що їхали за традиційним регулярним щорічним «жалуванням» Війську Запорозькому до столиці імперії (грошове та хлібне утримання, порох та олово для виробництва куль, гармати), під час аудієнцій у цариці та вищих сановників завжди скаржилися на захоплення їхніх володінь. Споряджалися й спеціальні посольства Для розв'язання земельної проблеми.
За царювання Єлизавети Петрівни задовольнялися деякі прохання запорозького козацтва щодо його прав на безмитну торгівлю, володіння перевозами, промислами тощо. Водночас земельні претензії Запорозької Січі царським урядом ніколи не задовольнялися. Калнишевський брав участь у трьох таких депутаціях: у першій — як військовий осавул, у другій — як військовий суддя, у третій — як кошовий отаман.
У 1755-1756 роках у Петербурзі перебувала запорозька депутація в складі військового осавула Петра Калнишевського, Данила Гладкого та Івана Чугуївця, яких обрали на загальновійськовій Раді на Січі після одержання дозволу від гетьманської Генеральної військової канцелярії на відправку депутатів. Запорозький уряд — Кіш забезпечив їх докладною інструкцією й доручив передати царському уряду петицію з повідомленням про захоплення запорозьких земель Ново-Сербією, Слобідським полком і Донським військом. У петиції також викладалося прохання скасувати встановлене у 1755 р. мито на сіль, яку вивозила Запорозька Січ. Узагалі просили дозволити без мита везти із Запорожжя коней, худобу, звіра, хутра, а на Запорожжя ввозити харчі.
Царським сановникам, вельможам, сенаторам Січ, сподіваючись на їхню підтримку, направляла дарунки — горілку, вино, рибу, коштовні речі. Коли судити з реєстрів, що зберігаються в архіві, посилалися навіть такі екзотичні тварини, як верблюди. Приїхавши, депутати встановили тісні контакти з гетьманом України Кирилом Разумовським, який того часу був у Петербурзі, та канцлером Безбородьком, українцем за походженням. Потім Кіш в особливому посланні дякував їм за підтримку.
Наслідком дипломатичної діяльності Калнишевського та інших депутатів була грамота імператриці Єлизавети від 10 червня 1756 р. з указом задовольнити прохання Запорозької Січі щодо мита, однак відмовити в претензіях на землі. Щоправда, в цій імператорській грамоті було наказано створити змішану комісію для опису запорозьких земель і розмежування їх із Ново-Сербією та Новослобідським полком. Така комісія була створена в
1756 р. з депутатами від Запорожжя, Гетьманщини, фортеці святої Єлизавети. Комісія діяла протягом 1756-1762 років. Однак і під час діяльності Комісії наступ на запорозькі землі тривав.
Комісія п'ять разів збиралася на з'їзди. Існувала спеціальна грамота імператриці Єлизавети від 10 січня 1760 р. з наказом продовжити опис запорозьких кордонів. Останній з'їзд відбувся в 1762 р. Запорозька Січ вирядила туди й своїх депутатів — осавула Петра Калнишевського, суддю Павла Кириловича (Козелецького), писаря Артема Кумпана. З'їзд провели після указу Сенату від 7 січня 1762 р., за яким на кордоні утверджувався Зіаіиз Оио.
1759 року на Січі знову зібралася Рада, яка постановила відрядити нову депутацію — військового суддю Петра Калнишевського, військового писаря Артема Кумпана і колишнього кошового отамана Павла Кириловича — до імператорського двору клопотатися про грамоту на землі Війська Запорозького. Перед депутатами ставилося завдання, крім земельної проблеми, домагатися також скасування мита з хліба та краму, що ввозиться з Гетьманщини на Січ, а також відправки «жалування» та гармат на Запорожжя. Як завжди, запорозькі депутати везли листи й дарунки від Коша Запорозької Січі до царських придворних вельмож. І як завжди, в Петербурзі задовольнили тільки частину претензій.
Указ Сенату від 10 травня 1759 р. й царська грамота від 25 січня 1760 р. дозволяли без мита переправляти на Запорожжя з Гетьманщини хліб та харчові продукти для власного споживання. Однак і на цей раз запорозькі депутати були неспроможні добитися імператорської грамоти на захист запорозьких земель від захоплення їх Новослобідським полком та іншими царськими військами й установами.
Наступ царизму на земельні володіння Запорозької Січі, як і взагалі на її автономію, набув особливої сили після вступу Катерини II на престол у 1762 р. Після безрезультатної 1763 року запорозької депутації в 1765 р. до імператорського двору прибуло нове запорозьке посольство в складі кошового отамана Петра Калнишевського, військового писаря Івана Глоби, військового старшини Василя Пишмича з чолобитною Війська Запорозького щодо земель, а також із проханням вилучити Запорозьку Січ зі сфери управління Малоросійської колегії.
Друга Малоросійська колегія була створена царизмом як центральний орган управління Лівобережною Україною після ліквідації тут гетьманського уряду. Січ просила, щоб її питання розглядалися в Колегії іноземних справ. Автори запорозької чолобитної посилалися на грамоту польського короля Стефана Баторія від 1575 р. та універсал Богдана Хмельницького від 1655 р. Щодо земельних претензій, то тут запорозька депутація конкретно ставила питання про знесення з території Запорожжя поселень Ново-Сербії та фортеці святої Єлизавети. Ці побажання були висловлені й на аудієнції у Катерини II. Депутати відвідали й Олександра Румянцева, призначеного генерал-губернатором України після скасування там влади гетьмана.
За указом Катерини II була створена урядова комісія з числа державних керівних осіб (сенаторів П. Паніна, 3. Чернишова, князя О. Вяземського, О. Румянцева, К. Глєбова, М. Герандта), яка вивчила «ландкарти»й начебто визначила, що новосербські поселення справді розташовані на запорозьких землях. Крім того, розглядався й проект переселення Нової Сербії. Катерина II теж ознайомилася з «ландкартами». Від неї на Січ надійшла грамота, в якій цариця не дуже виразно обіцяла запорожцям вирішити справу відповідно до їхнього прохання. Проте Калнишевський у своїх листах на Січ висловлював дуже великі сумніви щодо успіху клопотань запорозьких депутатів.
Через два роки в Наказі Запорозької Січі до Комісії зі складання Нового Уложенія 1767 р. зазначалося, що обіцянки Катерини не були здійснені, із запорозьких земель не були зведені чужі поселення та слободи, залишалися на місці царські війська. Взагалі, земельні претензії були однією з головних тем Наказу Січі до згаданої Комісії. Вимога про повернення захоплених володінь аргументувалася тим, що вони — «іздревлє» запорозькі й із ними Запорозька Січ увійшла до складу Російської держави. Посилалися також на історичні документи — «Пункти Богдана Хмельницького», державні договірні умови, про які згадувалося вище.
Прохання про вивід царських військ обґрунтовувалося таким чином. Ці війська розташовані не на кордоні, а «всередині Запорозької землі», що ж до захисту південного порубіжжя від нападів з боку кримського хана й Туреччини, то запорожці «по присяжної своєї должности» як охороняли, так і далі охоронятимуть це порубіжжя.
Під час російсько-турецької війни 1768-1774 років Запорозьке Військо неодноразово відзначалося героїчними подвигами і військовою майстерністю, а його землі в цей час продовжували захоплюватись. Запорозькі козаки намагалися протистояти цьому, витісняли зі своїх земель іноземні й військові поселення. Петро Калнишевський продовжував керувати боротьбою за збереження земель, поєднуючи це з командуванням Запорозьким Військом на театрі військових дій. Він не тільки відстоював кордони Запорозької Січі, а й організовував і стимулював швидке заселення її просторів селянами з Лівобережної та Правобережної України й Слобожанщини. Звільняючи під час боїв бранців, полонеників, що конали в тяжкій турецько-татарській неволі, запорозькі козаки привозили їх на Січ, допомагали їм оселитися й улаштуватися на запорозьких землях. Отже, в 1770 р. на території «Вольностей Війська Запорозького» вже налічувалося 45 сіл, близько чотирьох тисяч хуторів-зимівників.
У 1771, 1773, 1774 роках Запорозька Січ продовжувала відправляти депутації до імператорського двору, але з тим же негативним результатом. Катерина II «радикально» вирішила земельні суперечки Запорожжя. «З матернію ніжністю і щедротою», подаючи надію запорожцям і присипляючи їхню пильність, вона доручила водночас своєму офіційному «російському історіографу» німцю Герарду Міллеру «науково» довести, що Січ, узагалі, не має ніяких прав на володіння своїми землями. Про це стало відомо запорожцям, остання депутація котрих повідомляла на початку 1775 р. у Кіш, що Міллер за завданням Колегії іноземних справ робить виписки з архівних документів про Запорожжя: «Тепер ми сього дійшли, що доручено в Іноземній колегії історику німцю, полковнику Мійнеру, виписку чинити, з якої вже частина скопійована і посилається».
Дві статті Міллера — «Міркування про запорожців» і «Коротка виписка про малоросійський народ і запорожців» були подані уряду як доповідні записки напередодні зруйнування Січі — 10 травня 1775 р. Оцінки Міллера виражали офіційні імперські погляди на запорозьке козацтво. Деякі висунуті ним положення («Січ не має права на існування», «несамовите управління», «злодійський умисел», «політична потвора») були згодом використані в маніфесті Катерини II про ліквідацію Запорозької Січі.
Задовго до зруйнування Січі царський уряд, намагаючися поступово звужувати її автономію, не тільки відбирав землі, а й втручався в самостійний внутрішній лад Січі, галузі управління, самоврядування, судочинства, церковні справи. Спочатку дуже обережно, але послідовно обмежувалися демократичні порядки запорозького козацтва. Готувалися проекти реформ, що передбачали насамперед ліквідацію виборності старшини, зокрема й урядової — кошової, а також заборону рядовим козакам брати участь у радах. Крім того, при кошовому отаманові запроваджувався спеціальний пристав — царський штаб-офіцер.
Ліквідації самоврядування у сфері виборності старшини домагалася й частина запорозької верхівки. Проект скасування виборів і принцип призначення старшини урядом розробив військовий писар Павло Чернявський. Окремі представники запорозької верхівки, догоджаючи царським властям, воліли це робити таємно. Чернявський, зокрема, побоюючись розправи з боку козаків, просив не вказувати його прізвище в офіційних документах.
Зі вступом Катерини II на престол втручання царизму в демократичний лад Запорозької Січі, її управління набрало безцеремонного, брутального характеру. 9 вересня 1762 р. на коронацію Катерини приїхала запорозька депутація у складі щойно обраного кошового отамана Петра Калнишевського і військового кошового писаря Івана Глоби. Оскільки Калнишевський не сподобався імператриці, на Січ надійшов наказ відсунути його від кошового отаманства. У грудні 1762 р. рішення про вибори лише на старшинських нарадах ухвалила сходка курінних отаманів. Відтоді на посади подекуди обирали не на загальновійськовій раді, а на старшинських сходках і саме тих кандидатів, яких воліли самодержиця або її оточення.
Однак через опір козацьких мас і незгоди в середовищі самої старшини нововведення, яких вимагав царський уряд, тривалий час (по суті, до кінця існування Січі) не були реалізовані. Демократичні традиції продовжували жити на Запорожжі й запорозькі козаки на загальновійськових радах обирали кошову та іншу старшину серед тих, кого вони вважали найбільш достойними. Отже, й обрали вони в січні 1765 р. у другий раз кошовим отамана Петра Калнишевського.
Таке нехтування волею самодержиці в Петербурзі розцінили як «зухвалу непокору і свавілля». Швиденько спорядили комісію, котра протягом лютого-березня провадила слідство, яке, щоправда, не дало ніяких результатів. Водночас не на таких далеких обріях вимальовувалася неминучість війни з Туреччиною, протистояти якій без Запорозького Війська російській армії було дуже важко, особливо на такому театрі військових дій, як південні степи. Ось чому Петро Калнишевський, який мав величезний авторитет на Запорожжі, десять років залишався кошовим отаманом і протягом семи років війни командував Запорозьким Військом.
Обмежування царизмом самоврядування запорожців у сфері адміністрації, суду і безпосереднього управління Запорозькою Січчю з боку царської державної структури, знайшло свій вияв у передачі Запорозької Січі в підпорядкування київського генерал-губернатора, а також у переведенні Січі з відомства Колегії іноземних справ до Сенату, а з 1764 р., коли була знищена Українська держава — Гетьманщина — до Малоросійської колегії.
Це відповідало імперському русифікаторському напряму політики Катерини II, яка, визначаючи шляхи й мету русифікації України, Ліфляндії, Фінляндії, писала в секретній інструкції генерал-прокуророві О. Вяземському: «Надлежит легчайшим способом привести к тому, чтоб они обрусели и перестали бы глядеть, как волки к лесу. К тому приступ весьма легкий, если разумные люди избраны будут начальниками в тех провинциях».
Наступав царизм і на автономність запорозької церкви, яка була незалежна від київської митрополії, а підлеглість цієї церкви патріарху була номінальною. Запорозька церква вважалася парафією Межигірського монастиря, який мав право ставропігії, тобто безпосередньо залежав від патріарха й був вилучений із відомства Синоду та київського митрополита. Оскільки ж патріарх був далеко, то Межигірський монастир і його парафія — Запорозька Січ — були взагалі незалежними.
Підлягаючи московському патріарху номінально, запорозька церква була в безумовному віданні Запорозького Коша, уряду Січі, котрий поставив на її чолі «начальника запорозьких храмів» Володимира Сокальського.
Останнє слово у вирішенні церковних справ було за Кошем, а найважливіші справи вирішувалися на Раді. Рішення Коша і Ради вважалося вищим за розпорядження київського митрополита й межигірського архімандрита. Зрозуміло, що голос кошового отамана Петра Калнишевського мав пріоритетне значення. На Раді обирали й священиків від запорозьких громад, а також затверджували священиків, надісланих із монастиря. Питання про будівництво церкви на Запорожжі розв'язувалося також на загальновійськовій Раді.
На Січі була ще одна особливість — похідні церкви, які робилися з грубого полотна та церати й нагадували намети. Запорожці возили їх із собою в походи, встановлювали також поблизу сторожових постів — «бекетів». Калнишевський прагнув протидіяти тиску царських урядовців на незалежність запорозької церкви, зокрема під час російсько-турецької війни 1768-1774 років, 1769 року на противагу наказу Румянцева Калнишевський не погодився поставити запорозьких ієромонахів, що були в поході, в залежність від російських оберсвящеників усієї діючої армії.
На Запорозькій Січі, як і в усій Україні, вирішальне місце в розвитку культури, передусім духовної, належало церкві. Тому будівництво храмів вважалося дуже шанованою діяльністю й справді мало велике значення в громадському і моральному житті українського суспільства. Однак за всю історію Запорозької Січі ніхто не міг зрівнятися в цьому з Петром Калнишевським, який із щирою душею, зі знанням справи, не шкодуючи величезних коштів, віддався спорудженню і оздобленню храмів. Він побудував їх п'ять.
У коло обов'язків кошового отамана входило й забезпечення освіти в Запорозькій Січі. Тут існувало три спеціальних і 16 загальноосвітніх парафіяльних шкіл при церквах у центрах паланок, слободах, селах. У школах при Святопокровській січовій церкві діти від 12 до 17 років навчалися письму, «цифірі», закону Божому, українській та старослов'янській мові, іншим наукам. Юнаки-джури, яких запорозькі козаки брали в походи, засвоювали в цій школі суворий курс фізичного й військового виховання. У 1754 р. на Січі з ініціативи кошового отамана Якима Гнатовича була утворена школа, яка випускала паланкових старшин, писарів полкових канцелярій. Існувала на Запорожжі також школа «вокальної музики й церковного співу». Тут навчали партесного співу, готували читців і співаків для церков.
Загальне управління всіма школами зосереджувалось у руках кошового отамана, отже, в останнє десятиріччя існування Запорозької Січі — у кошового отамана Петра Калнишевського. Безпосереднє управління належало начальнику «світської освіти дітей», тобто вибраному на цю посаду запорозькому старшині, якому надавалося звання «військового служителя».
Калнишевський дбав, щоб ті демократичні й гуманні принципи, які склалися в системі освіти на Запорожжі, не порушувалися, оберігав національний характер школи, дух глибокої любові до рідного народу, його культури, віри, звичаїв. Навчання велося на Запорожжі рідною тогочасною українською мовою.
Покарання різками засуджувалося, цінувалося умовляння, роз'яснення, «самовільне каяття», «словесне катування». У школі існувало «курінне управління», тобто учнівське самоврядування, причому набагато раніше, ніж його запроваджено у Швейцарії, Англії, Індії, США. Запорозькі козаки з любов'ю ставилися до дітей, особливо січовики, значна частина яких не мала власних родин.

Кошовий отаман Калнишевський дбав, аби школи мали відповідні умови для навчання й життя, своєчасно забезпечувалися приміщенням, харчами, книгами. Вся справа освіти була взята «на кошти війська». За традицією при розподілі платні, провіанту, прибутків із торгівлі, промислів, воєнної здобичі видавали «звичаєм узаконену» частину на школу. Доброю справою вважалися пожертви на школи.
Військова діяльність Петра Калнишевського найбільше пов'язана з російсько-турецькою війною 1768-1774 років. На театрах війни запорозькі козаки були ударною, досвідченою, майстерною й мужньою силою іррегулярних військ російської армії. Запорожці, які здавна знали тактику турецько-татарських військ в умовах причорноморських степів, добре ними вивчених, найкраще могли протидіяти рухливій, легкій азіатській кінноті, що складала основну силу військ противника. Запорозькі козаки особливо майстерно виконували авангардну, розвідувальну службу і не мали собі рівних у переслідуванні розбитого ворога.
Росія в той час не мала виходу до Чорного моря, тому важливу роль у ході війни відігравали козацькі флотилії. Залучаючи запорожців до участі у війні, царський уряд не тільки намагався використати високі бойові якості їхнього війська, але й мав намір таким чином відвернути запорозьке козацтво від боротьби за права і вольності Запорозької Січі, участі в антифеодальних рухах. Катерина II писала Румянцеву: «Мы заблагоразсудили для удержання оннх запорожских казаков от разннх предерзостей сим вам предписать всех их, собрав, употребить против неприятеля за вашим россудом».
З другої половини XVIII ст., зокрема й у роки російсько-турецької війни 1768-1774 років, у Запорозькому Війську домінуюче місце займала кіннота. Відомість, складена Кошем 23 березня 1769 р., наводить дані про загальну кількість кінних і піших козаків у Запорозькому Війську на той час: перших тоді налічувалося 7474, других — 5773 чоловік.
Кожен «справний козак» служив «о дву конь», тобто мав по двоє коней. Командний (старшинський) склад мав їх ще більше. Військовий старшина виступав у похід із 16 кіньми, полковник — із вісьмома, а полковий старшина — з трьома. У запорожців були чи не найкращі для того часу коні, які вирізнялися незвичайною силою, витривалістю і швидкістю.
Кошовий отаман Калнишевський, безпосередньо очолюючи кінне з'єднання Запорозького Війська, водночас був командуючим усієї запорозької армії. Крім того, він зберігав і вище адміністративно-господарське і військово-організаційне керівництво на Запорожжі, залишаючи в Січі для вирішення нагальних справ тимчасового заступника — військового суддю.
Протягом усієї війни за кожної кампанії невтомний Петро Калнишевський, якому тоді вже було за 80 років, очолював Запорозьке Військо, виявляючи неабиякий хист воєначальника і військового організатора, талант полководця й особисту хоробрість, а також уміння орієнтуватись у політичній обстановці, надзвичайну дипломатичну гнучкість.
У кампанію 1769 р., крім «маскування» турецької фортеці Очаків, решта запорозьких команд виконувала окремі завдання загального стратегічного плану 2-ї російської армії — оборону України з боку Очакова, Бендер і Дністра. Головною метою кампанії 1770 р. була облога фортеці Бендери. Запорозьке Військо у складі двох корпусів 2-ї російської армії забезпечувало з боку Криму і Очакова її тили й комунікації. У цьому ж році запорозькі козаки розвідкою й агітацією в Криму і в ногайських ордах, а також транспортуванням цих орд через Дніпро сприяли відокремленню їх від Кримського ханства й переходу під російську протекцію.
Починаючи з кампанії 1771 р., запорозьке військо вже діє в складі не тільки 2-ї, а й 1-ї російської армії. На Дунайському театрі війни запорожці брали участь у боях, які мали вирішальне значення.
Запорозька піхота в цій війні виконувала спеціальні завдання царського уряду і російського командування. Особливо уславилася тоді Дунайська експедиція запорозького флоту, проведена двічі — в 1771 і 1772 роках. Запорозький флот у складі 19 «чайок» («дубів») з тисячною командою козаків-піхотинців, які були водночас і екіпажем суден, пройшов Дніпром повз ворожі фортеці Очаків і Кінбурн у Чорне море: перетнувши північно-західну його частину, вступаючи в бої з зустрічними турецькими кораблями, увійшов у гирло Дунаю й пришвартувався в Кілійському порту.
Запорозька Дунайська евспедиція мала не тільки воєнне, а й наукове значення. Під час походу запорожці проводили дослідницько-навігаційні роботи — вивчення дунайських чорноморських шляхів, складання їх перших лоцій. Через те, що царський уряд ставив неодмінною умовою закінчення російсько-турецької війни 1768-1774 років одержання від Туреччини права на вільне плавання російських торгових суден по Чорному морю, запорозька Дунайська експедиція мала значення не тільки для розвитку воєнних дій, але й для розширення в майбутньому чорноморської торгівлі. Після прибуття на Дунай запорозька флотилія увійшла до складу створеної Румянцевим Дунайської флотилії й брала участь у її активних діях.
У складі авангардних військ 2-ї російської армії запорозькі козаки відзначилися при виконанні головного стратегічного завдання кампанії 1771 р. — захопленні Криму. 1771 р. запорозька п'ятисотенна команда на чолі з полковником Опанасом Ковпако